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annwt

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】土壤采样及DGGE问题

如果土壤采样为提取DNA 去做DGGE分析,应注意那些问题,
DGGE设备好操作吗?有做过的给点建议!
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

annwt(金币+2): 2010-10-31 19:03:26
引用回帖:
Originally posted by tsq0126 at 2010-10-29 14:51:28:
二楼的兄弟,你提取土壤的DNA含量大概有多少,我的每克土壤中只能提取4ug左右,用提取的dna稀释10倍进行pcr,条带不单一,有非特异性扩增。

能提取到4ugDNA,DNA的量已经很高了。足以进行下游实验了。
非特异扩增应该不会吧。16S rDNA的通用引物不应该存在非特异扩增啊。
看你的电泳图,应该不是非特异的条带,最下面的是引物二聚体。

[ Last edited by xiadongliang on 2010-10-31 at 17:37 ]
8楼2010-10-31 17:35:37
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查看全部 15 个回答

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献


annwt(金币+1):谢谢参与
annwt(金币+1): 2010-10-29 20:45:10
呵呵,土壤DNA的提取纯化是关键。后面的DGGE刚跑的时候最好有个人带你做一次,否则你还是要跑几次练手的。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2010-10-28 22:12:04
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
annwt(金币+1):谢谢参与
annwt(金币+1): 2010-10-29 20:45:15
scelab(金币+2):热心虫友,欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-10-31 00:12:29
采样本身问题不大,从几个点采样后混合在一起,尽量保证土壤中细菌丰度就好了。DNA提取自己配试剂提取就可以了。
DGGE电泳中PCR产物一定好扩增的好才能保证。
3楼2010-10-29 08:57:10
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在雨中

金虫 (著名写手)



annwt(金币+1):谢谢参与
annwt(金币+1): 2010-10-29 20:45:19
我觉得,DGGE没有做过的话,具体操作是个坎,很有可能,你要重复操作很多次能才熟悉,得出漂亮的图来
4楼2010-10-29 12:38:30
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