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【求助】请问侯博士，
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计算E-V曲线时候遇到这个问题。我的EtVo.dat文件里每个V，E结果出现的次数和并行节点数一样，不是只出现一次。不知道问题出现在哪里？下面是我的程序： #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 3.37 3.42 3.47 3.52 3.57 3.62 3.67 3.72 3.77 3.82 3.87 3.92 3.97 4.02 4.07 4.12 4.17 4.22 do cat > POSCAR < BiFeO3 $i 1 0 0 0 1 0 0 0 1 3 1 1 Direct 0.5 0.5 0 0.5 0 0.5 0 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0 0 0 ! ~/vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'` V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5}'` 还有得到E，V数值后，写个inp.m，用murn.x apparent state: unit 5 (unnamed) last format: list io lately reading sequential formatted external IO Aborted 然后也没生成fout.dat文件. 请问这个怎么回事？ |
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valenhou001
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zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-10-13 13:10:31
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-10-13 13:10:31
| 此脚本不能用于并行计算。只适合串行的计算。 |
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2楼2010-10-13 09:29:11
3楼2010-10-13 11:13:13
valenhou001
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zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-10-13 15:33:44
ym23(金币+2):欢迎常来交流 2010-10-13 18:48:41
zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-10-13 15:33:44
ym23(金币+2):欢迎常来交流 2010-10-13 18:48:41
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很久就不此工具，发现不好用了了。错误的信息可能是输入文件没有准备好。推荐用此贴提到的工具： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2056902%A1%A3 |
4楼2010-10-13 14:55:38
guogencai
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liutaifeng
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请问您一下，我在做测试晶格常数时，将POSCAR循环和我提交作业的脚本写在一起，为什么得的的EtVo.dat是空的，麻烦您帮我看看。 #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:n08:ppn=08 #PBS -j oe #PBS -N pt cd $PBS_O_WORKDIR WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR source /share/apps/intel/ictce/4.0.0.020/ictvars.sh export PATH=/share/apps/vasp/intel11_impi:$PATH #mkdir -p /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID # I will copy all the files in $PBS_O_WORKDIR to tmp dir #\cp -rf $PBS_O_WORKDIR/* /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID #cd /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID NODES=`cat $PBS_NODEFILE | uniq` echo "--------------------------------------------------------" echo " JOBID: $PBS_JOBID" echo " The job was started at `date`" echo " The job was running at $NODES." # Start mpd uniq $PBS_NODEFILE > .mpd.hosts mpdboot -r ssh -f .mpd.hosts rm WAVECAR for i in 3.8 3.85 3.9 3.95 4.0 4.05 4.1 4.15 4.2 4.25 4.3 do cat >POSCAR <<! AL-fcc $i 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 1 D 0.0 0.0 0.0 ! echo "a=$i" # Run intelmpi Job in local tmp dir NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` mpirun -n $NP vasp # Exit mpd mpdallexit mpdcleanup echo " The job was finished at `date`" echo "--------------------------------------------------------" # Now copy the results to WORKDIR #\cp -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID/* $WORKDIR E='grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1 |aw '{printf "%12.4f\n", $5}' ' V='grep "volum" OUTCAR |tail -1 |awk '{printf "%12.4f\n", $5}' ' echo $V $E >>EtVo.dat done # Delete the tmp File #rm -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID # |
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