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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】请问侯博士，
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zhang668

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问侯博士，

计算E-V曲线时候遇到这个问题。我的EtVo.dat文件里每个V，E结果出现的次数和并行节点数一样，不是只出现一次。不知道问题出现在哪里？下面是我的程序：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3.37 3.42 3.47 3.52 3.57 3.62 3.67 3.72 3.77 3.82 3.87 3.92 3.97 4.02 4.07 4.12 4.17 4.22
do
cat > POSCAR < BiFeO3
$i
1 0 0
0 1 0
0 0 1
3 1 1
Direct
0.5 0.5 0
0.5 0 0.5
0 0.5 0.5
0.5 0.5 0.5
0 0 0
!
~/vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk  '{printf  "%12.6f \n", $5}'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk  '{printf  "%12.4f \n", $5}'`


还有得到E，V数值后，写个inp.m，用murn.x out.m 命令时一直没成功，提示：no star: incomprehensible list input
apparent state: unit 5 (unnamed)
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
然后也没生成fout.dat文件.
请问这个怎么回事？
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1楼 2010-10-12 22:29:27
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-10-13 13:10:31
此脚本不能用于并行计算。只适合串行的计算。
赞一下(2人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liutaifeng
2楼2010-10-13 09:29:11
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zhang668

木虫 (正式写手)
哦，多谢！请问后面拟合状态方程时出现的错误大概是什么问题？就是no star: incomprehensible list input
apparent state: unit 5 (unnamed)
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
然后也没生成fout.dat文件.
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3楼2010-10-13 11:13:13
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-10-13 15:33:44
ym23(金币+2):欢迎常来交流 2010-10-13 18:48:41
很久就不此工具，发现不好用了了。错误的信息可能是输入文件没有准备好。推荐用此贴提到的工具：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2056902%A1%A3
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-10-13 14:55:38
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guogencai

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主请问下你最后怎么处理的啊，我现在初学，也遇到这个问题，我用ulimit -s unlimited 命令也没有用，我已经纠结几天了，望解答，谢谢。。。
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嗨，，everyone
5楼2013-11-24 13:15:23
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zhang668

木虫 (正式写手)
★ ★
franch: 金币+2, 鼓励交流。 2013-11-26 00:54:04
引用回帖:
5楼: Originally posted by guogencai at 2013-11-24 13:15:23
楼主请问下你最后怎么处理的啊，我现在初学，也遇到这个问题，我用ulimit -s unlimited 命令也没有用，我已经纠结几天了，望解答，谢谢。。。

这个是并行计算就会出现的，出现次数跟节点数一样。
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6楼2013-11-25 09:57:59
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guogencai

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhang668 at 2013-11-25 09:57:59
这个是并行计算就会出现的，出现次数跟节点数一样。...

我指的是哪个状态拟合方程的时候，murn.x 运行之后会出现
[guogencai3@guogencai3 522]$ murn.x <inp.m >out.m
list in: end of file
apparent state: unit 5 named in.m
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted (core dumped)
不知道为什么，我查了好久也没有找到答案..请教下，谢谢
赞一下 回复此楼
嗨，，everyone
7楼2013-11-25 15:53:34
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liutaifeng

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by valenhou001 at 2010-10-13 09:29:11
此脚本不能用于并行计算。只适合串行的计算。

请问您一下，我在做测试晶格常数时，将POSCAR循环和我提交作业的脚本写在一起，为什么得的的EtVo.dat是空的，麻烦您帮我看看。
#!/bin/sh

#PBS -l nodes=1:n08:ppn=08
#PBS -j oe
#PBS -N  pt

cd $PBS_O_WORKDIR
WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR

source /share/apps/intel/ictce/4.0.0.020/ictvars.sh
export PATH=/share/apps/vasp/intel11_impi:$PATH

#mkdir -p /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
# I will copy all the files in $PBS_O_WORKDIR to tmp dir
#\cp -rf $PBS_O_WORKDIR/* /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
#cd /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID

NODES=`cat $PBS_NODEFILE | uniq`
echo "--------------------------------------------------------"
echo "  JOBID: $PBS_JOBID"
echo "  The job was started at `date`"
echo "  The job was running at $NODES."

# Start mpd
uniq $PBS_NODEFILE > .mpd.hosts
mpdboot -r ssh -f .mpd.hosts
rm WAVECAR
for i in 3.8 3.85 3.9 3.95 4.0 4.05 4.1 4.15 4.2 4.25 4.3
do
cat >POSCAR <<!
AL-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1
D
0.0 0.0 0.0
!
echo "a=$i"
# Run intelmpi Job in local tmp dir
NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
mpirun -n $NP vasp

# Exit mpd
mpdallexit
mpdcleanup

echo "  The job was finished at `date`"
echo "--------------------------------------------------------"


# Now copy the results to WORKDIR
#\cp -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID/* $WORKDIR
E='grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1 |aw  '{printf "%12.4f\n", $5}' '
V='grep "volum" OUTCAR |tail -1 |awk '{printf "%12.4f\n", $5}' '
echo $V $E >>EtVo.dat
done
# Delete the tmp File
#rm -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
#
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8楼2013-11-25 16:31:10
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