[交流] 【求助】用autodock做对接，请问里面格子大小及其中心的选择依据已有6人参与

1楼2010-10-09 15:53:43

gaoqunqunl

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2楼2010-10-17 10:16:19

zh1987hs

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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-17 15:00:11

引用回帖:

Originally posted by clwg at 2010-10-09 15:53:43:
用autodock做对接，请问里面格子大小及其中心的选择依据
谢谢指教

格子的中心和你的活性位点有关~一般设在你的活性位点上即可，大小只要能包括你觉得可能发生作用的区域就可以了~

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3楼2010-10-17 11:58:44

chemozhang

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4楼2011-09-05 20:10:02

keke1987

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引用回帖:

1202470楼: Originally posted by zh1987hs at 2010-10-17 11:58:44:
格子的中心和你的活性位点有关~一般设在你的活性位点上即可，大小只要能包括你觉得可能发生作用的区域就可以了~

请问现在还在模拟吗？想请教下你所说的活性位点是不是直接在AUTODOCK里center on ligand 所显示的坐标位置？

5楼2012-03-16 13:09:19

zh1987hs

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2390218楼: Originally posted by keke1987 at 2012-03-16 13:09:19:
请问现在还在模拟吗？想请教下你所说的活性位点是不是直接在AUTODOCK里center on ligand 所显示的坐标位置？

如果你的配体不是原来在蛋白结构里的，而是你自己构建出来的三级结构那么center on ligand 的坐标肯定就不是活性位点的坐标啦

6楼2012-03-16 13:27:18

huang0106

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-17 22:01:46

将原来的配体单独取出来后，将大分子和配体一起倒入进去，然后将大分子隐藏，一般都可以调到差不多的位置的。

7楼2012-03-17 17:08:15

longdlut

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参考已经发表文章的活性位点，或者是天然的多肽配体的结合位置！
设置合理的BOX
一般box越大，对接次数越多，实验结果越合理！

8楼2012-04-03 20:30:57

JKcarrot

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引用回帖:

7楼: Originally posted by huang0106 at 2012-03-17 17:08:15
将原来的配体单独取出来后，将大分子和配体一起倒入进去，然后将大分子隐藏，一般都可以调到差不多的位置的。

你好我最近也在做分子对接刚刚看到你这个回复有点不明白你把原来的配体取出来（这个配体是指你下载的复合物晶体结构中所带的么？）然后将大分子和配体导入进去（这里的配体分子是什么是自己实验获得的么？）

9楼2014-05-31 10:19:31

huang0106

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1.晶体里自带的小分子。
2.配体分子是自己合成或是想要进行第一节的小分子。

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10楼2014-06-01 23:04:30