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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用autodock做对接，请问里面格子大小及其中心的选择依据
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clwg

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用autodock做对接，请问里面格子大小及其中心的选择依据 已有6人参与

用autodock做对接，请问里面格子大小及其中心的选择依据
谢谢指教
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1楼 2010-10-09 15:53:43
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gaoqunqunl
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
顶  
2楼2010-10-17 10:16:19
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-17 15:00:11
引用回帖:
Originally posted by clwg at 2010-10-09 15:53:43:
用autodock做对接，请问里面格子大小及其中心的选择依据
谢谢指教

格子的中心和你的活性位点有关~一般设在你的活性位点上即可，大小只要能包括你觉得可能发生作用的区域就可以了~
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3楼2010-10-17 11:58:44
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
4楼2011-09-05 20:10:02
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keke1987

新虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
1202470楼: Originally posted by zh1987hs at 2010-10-17 11:58:44:
格子的中心和你的活性位点有关~一般设在你的活性位点上即可，大小只要能包括你觉得可能发生作用的区域就可以了~

请问现在还在模拟吗？想请教下你所说的活性位点是不是直接在AUTODOCK里center on ligand 所显示的坐标位置？
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5楼2012-03-16 13:09:19
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2390218楼: Originally posted by keke1987 at 2012-03-16 13:09:19:
请问现在还在模拟吗？想请教下你所说的活性位点是不是直接在AUTODOCK里center on ligand 所显示的坐标位置？

如果你的配体不是原来在蛋白结构里的，而是你自己构建出来的三级结构那么center on ligand 的坐标肯定就不是活性位点的坐标啦
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6楼2012-03-16 13:27:18
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huang0106

木虫 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-17 22:01:46
将原来的配体单独取出来后，将大分子和配体一起倒入进去，然后将大分子隐藏，一般都可以调到差不多的位置的。
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7楼2012-03-17 17:08:15
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
参考已经发表文章的活性位点，或者是天然的多肽配体的结合位置！
设置合理的BOX
一般box越大，对接次数越多，实验结果越合理！
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8楼2012-04-03 20:30:57
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JKcarrot

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by huang0106 at 2012-03-17 17:08:15
将原来的配体单独取出来后，将大分子和配体一起倒入进去，然后将大分子隐藏，一般都可以调到差不多的位置的。

你好 我最近也在做分子对接 刚刚看到你这个回复 有点不明白 你把原来的配体取出来（这个配体是指你下载的复合物晶体结构中所带的么？） 然后将大分子和配体导入进去（这里的配体分子是什么 是自己实验获得的么？）
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9楼2014-05-31 10:19:31
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huang0106

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1.晶体里自带的小分子。
2.配体分子是自己合成或是想要进行第一节的小分子。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2014-06-01 23:04:30
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