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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计。金币可追加
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lij2

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物设计。金币可追加

我要做荧光定量PCR，本想让公司设计引物和探针，可现公司均只合成不设计。用primer express3设计出的引物和探针结果却是：                                                               
Forward Primer：CGGTACCACTAGTTCTAGAGAGCTCAA        TM        60
Reverse Primer:TTGCTTTATCAACTGCTGCTTTTT        TM        58
Probe:AAAACCAAGGCTTGAAAC    TM        69
首先TM值跟我在NCBI上BLAST的差距甚远，其次探针有点短，且离上游引物距离较长。实在是不知道能不能用。还请高手指教。多谢~~~
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1楼 2010-10-08 20:23:16
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lij2

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dream7000 at 2010-10-09 09:44:21:
上海生工上海部就给设计，我的就是在那里设计合成的。设计好后还需自己在blast上面比对。
我的是生工设计完成后用primer5及blast都检测验证了，自己觉得好后才让他们合成的，我做real-time PCR用过引物还不错。注 ...

生工现在不提供设计，请问你是怎么验证的？拜谢
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4楼2010-10-09 10:39:23
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fjt198719

木虫 (著名写手)

永远的菜鸟
lij2(金币+1):多谢 2010-10-09 10:44:00
我记得大连宝生物帮忙设计RT-PCR引物和探针的啊，你去问下，呵呵
赞一下 回复此楼
独YY不如众YY！！！
2楼2010-10-08 20:29:22
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dream7000

铜虫 (初入文坛)
★ ★
lstt09nk(金币+2):感谢分享经验~ 2010-10-09 10:32:27
lij2(金币+1):多谢。生工给我的回复是不设计 2010-10-09 10:44:51
上海生工上海部就给设计，我的就是在那里设计合成的。设计好后还需自己在blast上面比对。
我的是生工设计完成后用primer5及blast都检测验证了，自己觉得好后才让他们合成的，我做real-time PCR用过引物还不错。注意一定要自己比对验证。
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3楼2010-10-09 09:44:21
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dream7000

铜虫 (初入文坛)
lij2(金币+3):谢谢。看来我被生工歧视了 2010-10-10 12:40:32
引用回帖:
Originally posted by lij2 at 2010-10-09 10:39:23:

生工现在不提供设计，请问你是怎么验证的？拜谢

不会吧，这么快就不给设计了，我那个是十一之前刚刚设计合成好的。
至于验证，我没有做探针，只是做了引物。我是用primer5看看设计的引物有没有发夹结构，引物间二聚体，错配什么的。用blast就是看看特异性高不高，结果中有个一条一条的图，那个最好出现蓝色条吧，并且是你需要的基因序列的代码，尽量不要有其他基因代码，蓝条应该是40多分。
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5楼2010-10-09 20:22:03
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