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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】请教：如何分析Zdock的对接结果？
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Superox

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】请教：如何分析Zdock的对接结果？ 已有4人参与

Zdock的对接操作比较简单，但对接生成的结果只有复合物的结构文件，如何对其进行分析呢？Zdock有没有自带的分析工具，或者应该使用其他软件分析呢？谢谢！
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1楼 2010-10-08 15:36:28
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cuiqin0704

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主现在知道怎么分析这个数据了吗，小虫现在也开始做这个，不知道怎么分析啊？
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3楼2014-05-26 10:31:01
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查看全部 5 个回答

Superox

新虫 (初入文坛)
附：Zock对接结果.out文件部分，请教其每列的物理意义，谢谢！

112        1.2
2.380392        2.500101        -0.120466
rec.job29560.bl.pdb        3.136        26.932        -21.625
lig.job29560.bl.pdb        -5.263        15.238        -22.691
-3.141593        2.379497        0.561089        7        10        1        39.17
-2.879793        2.592629        0.909713        7        10        1        38.80
-0.261799        0.618092        2.539118        11        7        0        38.67
2.356194        1.440580        2.260026        10        9        1        37.91
-1.570796        1.736875        3.023612        8        10        0        37.05
2.356194        0.458961        -0.107937        9        7        1        36.60
2.094395        0.458961        -0.107937        9        7        1        36.12
2.879793        0.290380        -0.796960        9        7        2        35.99
2.879793        1.367556        0.358405        11        8        0        35.55
-0.261799        0.864993        2.278281        11        6        110        35.07
2.617994        1.045978        0.343692        11        8        0        35.02
2.879793        2.379497        0.561089        8        9        1        35.00
-0.785398        1.574060        2.783565        7        9        2        34.94
0.000000        0.866955        -0.931351        7        10        3        34.69
-2.617994        2.407836        1.410646        8        10        0        33.94
-0.523599        1.699788        2.452890        7        10        1        33.94
0.523599        1.325504        -1.671296        10        8        1        33.91
-0.523599        2.187132        -0.479875        5        11        1        33.80
-0.261799        1.736875        3.023612        111        12        2        33.74
2.356194        1.045978        0.343692        10        7        0        33.63
-2.617994        2.592629        0.909713        7        11        1        33.55
-2.879793        2.295480        1.008277        8        10        1        33.54
1.570796        1.195355        1.200319        9        9        1        33.46
-1.047198        1.218453        2.777284        12        4        111        33.45
-2.356194        2.704512        1.488683        8        10        0        33.42
1.832596        1.836682        -0.676006        9        10        2        33.34
0.785398        0.591903        2.010408        11        10        111        33.32
-0.261799        2.033014        2.977192        110        12        3        33.23
1.832596        1.014500        0.906702        9        9        2        33.08
-2.617994        2.108018        1.311430        8        10        1        32.79
-2.356194        2.407836        1.410646        8        10        0        32.69
2.617994        1.134796        2.434290        10        10        1        32.61
2.617994        1.310100        1.488307        8        11        5        32.59
2.094395        2.247462        0.191623        5        13        2        32.56
1.570796        1.809167        1.213774        10        8        9        32.45
0.785398        1.599406        1.426070        12        6        2        32.37
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2楼2010-10-10 09:37:14
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me_creazy

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by Superox at 2010-10-10 09:37:14
附：Zock对接结果.out文件部分，请教其每列的物理意义，谢谢！

112        1.2
2.380392        2.500101        -0.120466
rec.job29560.bl.pdb        3.136        26.932        -21.625
lig.job29560.bl.pdb        -5.263        15.238        -22.691
-3.141593        2.37 ...

Zdock的分析结果，在zdock的网页上有查看说明，LZ可以去看一下，最后一列代表的是ZDOCK的打分数值
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4楼2015-11-24 16:06:32
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1054950560

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你可以把对接结果使用fiberdock这个来进行打分，也可以使用Rdock来分析，有一本书叫蛋白质预测结构指南，那里面介绍了Zdock和Rdock联合使用的情况，其实Zdock有自身的打分功能，不过要根据你想要的对接结果来自行选择，打分高的并不一定表示对接结果合理
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努力就会有回报，不管是好的还是坏的
5楼2015-11-26 15:07:35
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