24小时热门版块排行榜    

查看: 4964  |  回复: 4

Superox

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】请教:如何分析Zdock的对接结果? 已有4人参与

Zdock的对接操作比较简单,但对接生成的结果只有复合物的结构文件,如何对其进行分析呢?Zdock有没有自带的分析工具,或者应该使用其他软件分析呢?谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Superox

新虫 (初入文坛)

附:Zock对接结果.out文件部分,请教其每列的物理意义,谢谢!

112        1.2
2.380392        2.500101        -0.120466
rec.job29560.bl.pdb        3.136        26.932        -21.625
lig.job29560.bl.pdb        -5.263        15.238        -22.691
-3.141593        2.379497        0.561089        7        10        1        39.17
-2.879793        2.592629        0.909713        7        10        1        38.80
-0.261799        0.618092        2.539118        11        7        0        38.67
2.356194        1.440580        2.260026        10        9        1        37.91
-1.570796        1.736875        3.023612        8        10        0        37.05
2.356194        0.458961        -0.107937        9        7        1        36.60
2.094395        0.458961        -0.107937        9        7        1        36.12
2.879793        0.290380        -0.796960        9        7        2        35.99
2.879793        1.367556        0.358405        11        8        0        35.55
-0.261799        0.864993        2.278281        11        6        110        35.07
2.617994        1.045978        0.343692        11        8        0        35.02
2.879793        2.379497        0.561089        8        9        1        35.00
-0.785398        1.574060        2.783565        7        9        2        34.94
0.000000        0.866955        -0.931351        7        10        3        34.69
-2.617994        2.407836        1.410646        8        10        0        33.94
-0.523599        1.699788        2.452890        7        10        1        33.94
0.523599        1.325504        -1.671296        10        8        1        33.91
-0.523599        2.187132        -0.479875        5        11        1        33.80
-0.261799        1.736875        3.023612        111        12        2        33.74
2.356194        1.045978        0.343692        10        7        0        33.63
-2.617994        2.592629        0.909713        7        11        1        33.55
-2.879793        2.295480        1.008277        8        10        1        33.54
1.570796        1.195355        1.200319        9        9        1        33.46
-1.047198        1.218453        2.777284        12        4        111        33.45
-2.356194        2.704512        1.488683        8        10        0        33.42
1.832596        1.836682        -0.676006        9        10        2        33.34
0.785398        0.591903        2.010408        11        10        111        33.32
-0.261799        2.033014        2.977192        110        12        3        33.23
1.832596        1.014500        0.906702        9        9        2        33.08
-2.617994        2.108018        1.311430        8        10        1        32.79
-2.356194        2.407836        1.410646        8        10        0        32.69
2.617994        1.134796        2.434290        10        10        1        32.61
2.617994        1.310100        1.488307        8        11        5        32.59
2.094395        2.247462        0.191623        5        13        2        32.56
1.570796        1.809167        1.213774        10        8        9        32.45
0.785398        1.599406        1.426070        12        6        2        32.37
2楼2010-10-10 09:37:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cuiqin0704

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问楼主现在知道怎么分析这个数据了吗,小虫现在也开始做这个,不知道怎么分析啊?
3楼2014-05-26 10:31:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

me_creazy

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by Superox at 2010-10-10 09:37:14
附:Zock对接结果.out文件部分,请教其每列的物理意义,谢谢!

112        1.2
2.380392        2.500101        -0.120466
rec.job29560.bl.pdb        3.136        26.932        -21.625
lig.job29560.bl.pdb        -5.263        15.238        -22.691
-3.141593        2.37 ...

Zdock的分析结果,在zdock的网页上有查看说明,LZ可以去看一下,最后一列代表的是ZDOCK的打分数值
4楼2015-11-24 16:06:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1054950560

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你可以把对接结果使用fiberdock这个来进行打分,也可以使用Rdock来分析,有一本书叫蛋白质预测结构指南,那里面介绍了Zdock和Rdock联合使用的情况,其实Zdock有自身的打分功能,不过要根据你想要的对接结果来自行选择,打分高的并不一定表示对接结果合理
努力就会有回报,不管是好的还是坏的
5楼2015-11-26 15:07:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Superox 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-30 17:34 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 17:33 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 17:14 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 17:03 by hZiFeudZyoGR
[基金申请] 能否申诉? +4 echo8914667 2026-08-30 4/200 2026-08-30 16:03 by sundiv
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 12:13 by l0VvVHGBGRLv
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-30 11:19 by l0VvVHGBGRLv
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 07:39 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 07:17 by ZPa0EcMwuECS
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:58 by ZPa0EcMwuECS
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
信息提示
请填处理意见