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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】vasp优化团簇出错 求Pd的INCAR文件
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piaoxue001

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】vasp优化团簇出错 求Pd的INCAR文件 已有2人参与

exit status of rank 1：killed by signal 11 。
请问这是怎么回事？

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-9-18 at 11:17 ]
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1楼 2010-09-16 20:52:53
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原子修补匠

铁虫 (初入文坛)
★
163.com(金币+1):谢谢回帖交流…… 2010-09-18 14:59:36
piaoxue001(金币+4): 2010-09-18 15:40:13
引用回帖:
Originally posted by piaoxue001 at 2010-09-18 09:25:24:

你好，我找了个优化好的9个原子的算结果还是这样  如下：
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  2 types and    9 ions
  ...

对于这种情况，常常换一个节点就可以了。
其实正确的操作是先看看要计算的节点的cpu使用的情况，有时候即使没有程序在运行但是cpu却没有完全的释放。这个时候如果你提交了作业，常常会出现你说的情况。重启这个单节点，就可以正常使用了。
最后，计算模拟是在速度和精度间找一个平衡点，poscar，incar需要再三确认合理性。
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要有幸福感！
8楼2010-09-18 09:39:44
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查看全部 22 个回答

piaoxue001

木虫 (正式写手)
有哪位遇到过这种情况？希望探讨一下
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2楼2010-09-17 21:00:21
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calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟
★ ★
zzy870720z(金币+1):谢谢回复 2010-09-19 07:58:20
zxzj05(金币+1):奖励 2010-09-20 17:19:08
引用回帖:
Originally posted by piaoxue001 at 2010-09-16 20:52:53:
exit status of rank 1：killed by signal 11 。
请问这是怎么回事？

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-9-17 at 16:28 ]

贴出INCAR 和KPOINTS ，负载过大造成的
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-09-17 21:30:55
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
优化大团簇时，我也认为是超负载了  后来试了一下Pd5的还是这个问题。
以下是INCAR KPOINTS  POSCAR文件
SYSTEM=Pd38
ENCUT=270
ISTART=0
ICHARG=2
NSW=100
IBRION=2
PREC=Accurate

Automatic mesh
0
G
1  1  1
0  0  0

system=Pd38
1
       30.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       30.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000        0.000000000000000       30.000000000000000
38
direct
  0.4629252752788721   0.5616948352295882   0.6707640444643583
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4楼2010-09-18 08:18:33
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