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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】vasp优化团簇出错 求Pd的INCAR文件
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piaoxue001

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】vasp优化团簇出错 求Pd的INCAR文件 已有2人参与

exit status of rank 1：killed by signal 11 。
请问这是怎么回事？

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-9-18 at 11:17 ]
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1楼 2010-09-16 20:52:53
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
有哪位遇到过这种情况？希望探讨一下
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2楼2010-09-17 21:00:21
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calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟
★ ★
zzy870720z(金币+1):谢谢回复 2010-09-19 07:58:20
zxzj05(金币+1):奖励 2010-09-20 17:19:08
引用回帖:
Originally posted by piaoxue001 at 2010-09-16 20:52:53:
exit status of rank 1：killed by signal 11 。
请问这是怎么回事？

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-9-17 at 16:28 ]

贴出INCAR 和KPOINTS ，负载过大造成的
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3楼2010-09-17 21:30:55
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
优化大团簇时，我也认为是超负载了  后来试了一下Pd5的还是这个问题。
以下是INCAR KPOINTS  POSCAR文件
SYSTEM=Pd38
ENCUT=270
ISTART=0
ICHARG=2
NSW=100
IBRION=2
PREC=Accurate

Automatic mesh
0
G
1  1  1
0  0  0

system=Pd38
1
       30.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       30.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000        0.000000000000000       30.000000000000000
38
direct
  0.4629252752788721   0.5616948352295882   0.6707640444643583
  0.5465478230122054   0.4338832067629213   0.4702994818976922
  0.5744990819455389   0.5270870873629213   0.6032497969976918
  0.4333739811455388   0.6570604710962547   0.4401341109976922
  0.5695184941122056   0.5634122973629214   0.4427157540643589
  0.3875017984455368   0.3981881124629214   0.4955416194976921
  0.3234987950455368   0.5028416448295880   0.6057023985643583
  0.5055142131788722   0.6680635790962546   0.5528767217643588
  0.3464696868455368   0.6323701602629214   0.5781183763310255
  0.4596422018788721   0.4091916519629213   0.6082844518976917
  0.3185168440788701   0.5391670510962549   0.4451679270643589
  0.3860815941122035   0.5866617314629214   0.3974834738643589
  0.3711649247455368   0.5732640625629214   0.6486546802310249
  0.3626766025122035   0.4570132671962546   0.4252400405310255
  0.4300908432122055   0.5045592110962547   0.3776530817310255
  0.4792755621788722   0.3865528478962547   0.5177661992976922
  0.2989744700122035   0.5618478034962547   0.5352518273976922
  0.5254212019788722   0.6452839937629213   0.4625508496310256
  0.4137408404788722   0.6796988835629215   0.5306521936310256
  0.5940428412122055   0.5044061944629213   0.5131662928976922
  0.3675948343455368   0.4209682859962546   0.5858675995643589
  0.5303392110122055   0.6092403495295881   0.6231772772310249
  0.5069342795122056   0.4795922053962546   0.6509339520976917
  0.5218527893788723   0.4929897573962547   0.3997628979643588
  0.3303522946455368   0.4733050464629213   0.5143288412976922
  0.4556354204122055   0.4347023867629213   0.4382560826310256
  0.5367401792122054   0.4473725137295880   0.5652252058310255
  0.5626643156122054   0.5929483212629214   0.5340892992976922
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  0.4114083680122035   0.4860719879629213   0.6412749697643584
  0.4816085300788721   0.5801813999962547   0.4071423618643589
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  0.5016337307122055   0.5158925480295881   0.4905155699643589
  0.4105967472788701   0.5274605464629214   0.4684367361976922
  0.4578590743122055   0.5971351891629214   0.5103500595976922
  0.3913821804455368   0.5503602563295881   0.5579024386310255
  0.4824206038455388   0.5387922195295881   0.5799823551310255
  0.4351576879788722   0.4691198259295880   0.5380669846976922
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4楼2010-09-18 08:18:33
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by calos818 at 2010-09-17 21:30:55:

贴出INCAR 和KPOINTS ，负载过大造成的

贴出来了。请指教
4核的电脑4G内存   运行过程中我看了一下，在reading WAVECAR之前CPU100%
在Reading WAVECAR 时CPU降下来了，但是用户内存98%   有一台在跑表面。内存也是98%-99%  请问这个问题如何解决？

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-9-18 at 08:25 ]
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5楼2010-09-18 08:19:20
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calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-09-19 07:58:30
引用回帖:
Originally posted by piaoxue001 at 2010-09-18 08:19:20:

贴出来了。请指教
4核的电脑4G内存   运行过程中我看了一下，在reading WAVECAR之前CPU100%
在Reading WAVECAR 时CPU降下来了，但是用户内存98%   有一台在跑表面。内存也是98%-99%  请问这个问题如何解决？ ...

reading WAVECAR确实很占资源，但4G的内存有些小，我觉得，还有个原因就是结构不合理，很不稳定，造成负载越来越大，最后节点自动down了

[ Last edited by calos818 on 2010-9-18 at 08:31 ]
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6楼2010-09-18 08:29:30
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by calos818 at 2010-09-18 08:29:30:

reading WAVECAR确实很占资源，但4G的内存有些小，我觉得，还有个原因就是结构不合理，很不稳定，造成负载越来越大，最后节点自动down了

[ Last edited by calos818 on 2010-9-18 at 08:31 ]

你好，我找了个优化好的9个原子的算结果还是这样  如下：
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  2 types and    9 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
rank 1 in job 2  localhost.localdomain_36068   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: killed by signal 11
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7楼2010-09-18 09:25:24
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原子修补匠

铁虫 (初入文坛)
★
163.com(金币+1):谢谢回帖交流…… 2010-09-18 14:59:36
piaoxue001(金币+4): 2010-09-18 15:40:13
引用回帖:
Originally posted by piaoxue001 at 2010-09-18 09:25:24:

你好，我找了个优化好的9个原子的算结果还是这样  如下：
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  2 types and    9 ions
  ...

对于这种情况，常常换一个节点就可以了。
其实正确的操作是先看看要计算的节点的cpu使用的情况，有时候即使没有程序在运行但是cpu却没有完全的释放。这个时候如果你提交了作业，常常会出现你说的情况。重启这个单节点，就可以正常使用了。
最后，计算模拟是在速度和精度间找一个平衡点，poscar，incar需要再三确认合理性。
赞一下(1人) 回复此楼
要有幸福感！
8楼2010-09-18 09:39:44
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 原子修补匠 at 2010-09-18 09:39:44:


对于这种情况，常常换一个节点就可以了。
其实正确的操作是先看看要计算的节点的cpu使用的情况，有时候即使没有程序在运行但是cpu却没有完全的释放。这个时候如果你提交了作业，常常会出现你说的情况。重启这 ...

非常感谢     我降低一下精度试试   请问怎么重启节点？  我看了     计算完之后CPU几乎被完全释放
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9楼2010-09-18 09:45:12
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calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟
现在貌似是机器问题嘿嘿
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10楼2010-09-18 09:48:43
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