24小时热门版块排行榜    

查看: 1788  |  回复: 21
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

piaoxue001

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】vasp优化团簇出错 求Pd的INCAR文件 已有2人参与

exit status of rank 1:killed by signal 11 。
请问这是怎么回事?

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-9-18 at 11:17 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piaoxue001

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by calos818 at 2010-09-18 08:29:30:

reading WAVECAR确实很占资源,但4G的内存有些小,我觉得,还有个原因就是结构不合理,很不稳定,造成负载越来越大,最后节点自动down了

[ Last edited by calos818 on 2010-9-18 at 08:31 ]

你好,我找了个优化好的9个原子的算结果还是这样  如下:
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  2 types and    9 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
rank 1 in job 2  localhost.localdomain_36068   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: killed by signal 11
7楼2010-09-18 09:25:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 22 个回答

piaoxue001

木虫 (正式写手)

有哪位遇到过这种情况?希望探讨一下
2楼2010-09-17 21:00:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟

★ ★
zzy870720z(金币+1):谢谢回复 2010-09-19 07:58:20
zxzj05(金币+1):奖励 2010-09-20 17:19:08
引用回帖:
Originally posted by piaoxue001 at 2010-09-16 20:52:53:
exit status of rank 1:killed by signal 11 。
请问这是怎么回事?

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-9-17 at 16:28 ]

贴出INCAR 和KPOINTS ,负载过大造成的
3楼2010-09-17 21:30:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piaoxue001

木虫 (正式写手)

优化大团簇时,我也认为是超负载了  后来试了一下Pd5的还是这个问题。
以下是INCAR KPOINTS  POSCAR文件
SYSTEM=Pd38
ENCUT=270
ISTART=0
ICHARG=2
NSW=100
IBRION=2
PREC=Accurate

Automatic mesh
0
G
1  1  1
0  0  0

system=Pd38
1
       30.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       30.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000        0.000000000000000       30.000000000000000
38
direct
  0.4629252752788721   0.5616948352295882   0.6707640444643583
  0.5465478230122054   0.4338832067629213   0.4702994818976922
  0.5744990819455389   0.5270870873629213   0.6032497969976918
  0.4333739811455388   0.6570604710962547   0.4401341109976922
  0.5695184941122056   0.5634122973629214   0.4427157540643589
  0.3875017984455368   0.3981881124629214   0.4955416194976921
  0.3234987950455368   0.5028416448295880   0.6057023985643583
  0.5055142131788722   0.6680635790962546   0.5528767217643588
  0.3464696868455368   0.6323701602629214   0.5781183763310255
  0.4596422018788721   0.4091916519629213   0.6082844518976917
  0.3185168440788701   0.5391670510962549   0.4451679270643589
  0.3860815941122035   0.5866617314629214   0.3974834738643589
  0.3711649247455368   0.5732640625629214   0.6486546802310249
  0.3626766025122035   0.4570132671962546   0.4252400405310255
  0.4300908432122055   0.5045592110962547   0.3776530817310255
  0.4792755621788722   0.3865528478962547   0.5177661992976922
  0.2989744700122035   0.5618478034962547   0.5352518273976922
  0.5254212019788722   0.6452839937629213   0.4625508496310256
  0.4137408404788722   0.6796988835629215   0.5306521936310256
  0.5940428412122055   0.5044061944629213   0.5131662928976922
  0.3675948343455368   0.4209682859962546   0.5858675995643589
  0.5303392110122055   0.6092403495295881   0.6231772772310249
  0.5069342795122056   0.4795922053962546   0.6509339520976917
  0.5218527893788723   0.4929897573962547   0.3997628979643588
  0.3303522946455368   0.4733050464629213   0.5143288412976922
  0.4556354204122055   0.4347023867629213   0.4382560826310256
  0.5367401792122054   0.4473725137295880   0.5652252058310255
  0.5626643156122054   0.5929483212629214   0.5340892992976922
  0.3562760611455368   0.6188810467295881   0.4831926858310255
  0.4114083680122035   0.4860719879629213   0.6412749697643584
  0.4816085300788721   0.5801813999962547   0.4071423618643589
  0.4373812376455389   0.6315508087295879   0.6101617868310250
  0.5016337307122055   0.5158925480295881   0.4905155699643589
  0.4105967472788701   0.5274605464629214   0.4684367361976922
  0.4578590743122055   0.5971351891629214   0.5103500595976922
  0.3913821804455368   0.5503602563295881   0.5579024386310255
  0.4824206038455388   0.5387922195295881   0.5799823551310255
  0.4351576879788722   0.4691198259295880   0.5380669846976922
4楼2010-09-18 08:18:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见