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z5476t4508

新虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】关于ONIOM输入文件已有1人参与

初学ONIOM，摆脱大家指点一下！
我在高斯手册里发现一个例子：

# ONIOM(B3LYP/6-31G(d):Amber) Geom=Connectivity

2 layer ONIOM job

0 1 0 1 0 1 Charge/spin for entire molecule (real system), model system-high level & model-low
C-CA--0.25 0 -4.703834 -1.841116 -0.779093 L
C-CA--0.25 0 -3.331033 -1.841116 -0.779093 L H-HA-0.1  3
C-CA--0.25 0 -2.609095 -0.615995 -0.779093 H
C-CA--0.25 0 -3.326965 0.607871 -0.778723 H
C-CA--0.25 0 -4.748381 0.578498 -0.778569 H
C-CA--0.25 0 -5.419886 -0.619477 -0.778859 L H-HC-0.1  5
H-HA-0.1    0 -0.640022 -1.540960 -0.779336 L
H-HA-0.1 0 -5.264565 -2.787462 -0.779173 L
H-HA-0.1 0 -2.766244 -2.785438 -0.779321 L
C-CA--0.25  0 -1.187368 -0.586452 -0.779356 L H-HA-0.1  3
C-CA--0.25  0 -2.604215 1.832597 -0.778608 H
H-HA-0.1 0 -5.295622 1.532954 -0.778487 L H-HA-0.1  5
H-HA-0.1 0 -6.519523 -0.645844 -0.778757 L
C-CA--0.25  0 -1.231354 1.832665 -0.778881 L H-HC-0.1  11
C-CA--0.25  0 -0.515342 0.610773 -0.779340 L
H-HA-0.1 0 -3.168671 2.777138 -0.778348 L H-HA-0.1  11
H-HA-0.1 0 -0.670662 2.778996 -0.779059 L
H-HA-0.1 0 0.584286 0.637238 -0.779522 L

1 2 1.5 6 1.5 8 1.0
2 3 1.5 9 1.0
3 4 1.5 10 1.5
4 5 1.5 11 1.5
5 6 1.5 12 1.0
6 13 1.0
7 10 1.0
8
9
10 15 1.5
11 14 1.5 16 1.0
12
13
14 15 1.5 17 1.0
15 18 1.0
16
17
18

如果 01 01 01 分别指的是整个体系的电荷、自旋；量子区域的电荷和自旋的话，那么也就是说整个体系和量子区域的总电量都是0啦，可是吧输入文件里的原子电荷加起来并不是0呀，C的是-0.25, H的是0.1....

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Itrustyouarekeepingwell?

1楼2010-08-25 13:11:36

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xianweiwang

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z5476t4508(金币+10):xiexie 2010-09-06 13:41:04

加上下面的几行试试
HrmStr1  N CA 490.0 1.335
HrmStr1  C H2 490.0 1.335
HrmStr1  CA CA 490.0 1.335
HrmBnd1  CA  N CA 70.0  116.000
HrmBnd1  CA  N C    70.0  116.000
HrmBnd1  CA  CA  N    70.0  116.000
HrmBnd1  CA  N H2 70.0  116.000
HrmBnd1  N CA  H4    70.0  116.000
HrmBnd1  N C H2 70.0  116.000
HrmBnd1  O C H2 70.0  116.000

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2楼2010-08-31 17:09:59

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dragonli

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

请解释什么意思！谢谢

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3楼2010-09-13 14:01:58

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