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z5476t4508新虫 (正式写手)
明天家
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【求助】关于ONIOM输入文件 已有1人参与
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初学ONIOM，摆脱大家指点一下！ 我在高斯手册里发现一个例子： # ONIOM(B3LYP/6-31G(d):Amber) Geom=Connectivity 2 layer ONIOM job 0 1 0 1 0 1 Charge/spin for entire molecule (real system), model system-high level & model-low C-CA--0.25 0 -4.703834 -1.841116 -0.779093 L C-CA--0.25 0 -3.331033 -1.841116 -0.779093 L H-HA-0.1 3 C-CA--0.25 0 -2.609095 -0.615995 -0.779093 H C-CA--0.25 0 -3.326965 0.607871 -0.778723 H C-CA--0.25 0 -4.748381 0.578498 -0.778569 H C-CA--0.25 0 -5.419886 -0.619477 -0.778859 L H-HC-0.1 5 H-HA-0.1 0 -0.640022 -1.540960 -0.779336 L H-HA-0.1 0 -5.264565 -2.787462 -0.779173 L H-HA-0.1 0 -2.766244 -2.785438 -0.779321 L C-CA--0.25 0 -1.187368 -0.586452 -0.779356 L H-HA-0.1 3 C-CA--0.25 0 -2.604215 1.832597 -0.778608 H H-HA-0.1 0 -5.295622 1.532954 -0.778487 L H-HA-0.1 5 H-HA-0.1 0 -6.519523 -0.645844 -0.778757 L C-CA--0.25 0 -1.231354 1.832665 -0.778881 L H-HC-0.1 11 C-CA--0.25 0 -0.515342 0.610773 -0.779340 L H-HA-0.1 0 -3.168671 2.777138 -0.778348 L H-HA-0.1 11 H-HA-0.1 0 -0.670662 2.778996 -0.779059 L H-HA-0.1 0 0.584286 0.637238 -0.779522 L 1 2 1.5 6 1.5 8 1.0 2 3 1.5 9 1.0 3 4 1.5 10 1.5 4 5 1.5 11 1.5 5 6 1.5 12 1.0 6 13 1.0 7 10 1.0 8 9 10 15 1.5 11 14 1.5 16 1.0 12 13 14 15 1.5 17 1.0 15 18 1.0 16 17 18 如果 01 01 01 分别指的是整个体系的电荷、自旋；量子区域的电荷和自旋的话，那么也就是说整个体系和量子区域的总电量都是0啦，可是吧输入文件里的原子电荷加起来并不是0呀，C的是-0.25, H的是0.1.... |
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3楼2010-09-13 14:01:58
xianweiwang
铁虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 22.1
- 散金: 610
- 红花: 1
- 帖子: 60
- 在线: 45.9小时
- 虫号: 963122
- 注册: 2010-03-06
- 专业: 理论和计算化学
z5476t4508(金币+10):xiexie 2010-09-06 13:41:04
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加上下面的几行试试 HrmStr1 N CA 490.0 1.335 HrmStr1 C H2 490.0 1.335 HrmStr1 CA CA 490.0 1.335 HrmBnd1 CA N CA 70.0 116.000 HrmBnd1 CA N C 70.0 116.000 HrmBnd1 CA CA N 70.0 116.000 HrmBnd1 CA N H2 70.0 116.000 HrmBnd1 N CA H4 70.0 116.000 HrmBnd1 N C H2 70.0 116.000 HrmBnd1 O C H2 70.0 116.000 |
2楼2010-08-31 17:09:59
