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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】PCR引物设计出后是否需要比对?
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dongfangzz

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】PCR引物设计出后是否需要比对? 已有6人参与

　　将要做定量PCR,逆转录试剂盒中自带有primer和oligo引物，不需再设计．逆转录后对cDNA进行ＰＣＲ时要自己设计引物．那么
　　据说PCR引物设计出后应进行比对，以避免同源序列的影响．该怎样比对，有什么软件吗？
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1楼 2010-08-13 09:38:35
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★
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你想比对的话，可以去NCBI里面直接BLAST啊
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2楼2010-08-13 09:39:41
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微笑漩涡

新虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
NCBI里面有一个电子PCR，把你的引物输入进去，看看PCR结果是不是你想要的。
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3楼2010-08-13 09:51:08
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)

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优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用primer blast
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4楼2010-08-13 10:15:39
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ronghuan

银虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by 微笑漩涡 at 2010-08-13 09:51:08:
NCBI里面有一个电子PCR，把你的引物输入进去，看看PCR结果是不是你想要的。

那里面有电子PCR吗？请指教。
使用clustalx软件可以进行基因序列比对
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5楼2010-08-13 10:35:12
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微笑漩涡

新虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

在这个网址上输入你的引物序列进行BLAST，看看最后结果是不是你的目的基因。
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6楼2010-08-13 13:04:36
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dongfangzz

银虫 (小有名气)
大家有没有NCBI或primer blast软件比对的使用方法呀？
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7楼2010-08-14 13:29:55
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jolly_2006

用priemer5
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8楼2010-08-14 20:02:03
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