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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】在MS里，如何在一个晶胞里加入一个分子
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shiyanshi2

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】在MS里，如何在一个晶胞里加入一个分子

我用MS打开一个分子晶体的cif文件如C2 H1 Br2 N3，现在想在里面加入一个基团，比如ClO4（如果在另外一个cif文件里知道ClO4结构），有没有办法把ClO4作为一个整体直接加入到C2 H1 Br2 N3晶胞里去啊？
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1楼 2010-08-11 10:49:42
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
shiyanshi2(金币+2):谢谢参与 2010-08-16 08:32:19
引用回帖:
Originally posted by shiyanshi2 at 2010-08-11 10:49:42:
我用MS打开一个分子晶体的cif文件如C2 H1 Br2 N3，现在想在里面加入一个基团，比如ClO4（如果在另外一个cif文件里知道ClO4结构），有没有办法把ClO4作为一个整体直接加入到C2 H1 Br2 N3晶胞里去啊？

如果简单的话直接手工可以添加进去吗？因为你知道ClO4的坐标，然后田间原子，一个个输入。。。
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timeflies..
2楼2010-08-11 12:10:39
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shiyanshi2

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by enola at 2010-08-11 12:10:39:

如果简单的话直接手工可以添加进去吗？因为你知道ClO4的坐标，然后田间原子，一个个输入。。。

我没说清楚，所以您可能理解错我的意思了。我的意思是通过其他的cif文件知道了CLO4中各原子的相对位置，这个原子位置怎么可能在任意晶胞里通用呢？要把它一个一个加入当然也可以，但是要在下面计算，有没有直接作为一个整体加入的办法?
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3楼2010-08-11 16:00:46
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
shiyanshi2(金币+8):谢谢 2010-08-18 09:29:04
引用回帖:
Originally posted by shiyanshi2 at 2010-08-11 16:00:46:

我没说清楚，所以您可能理解错我的意思了。我的意思是通过其他的cif文件知道了CLO4中各原子的相对位置，这个原子位置怎么可能在任意晶胞里通用呢？要把它一个一个加入当然也可以，但是要在下面计算，有没有直接 ...

对不起阿，这个就是说制作一个小模块，然后作为底层的库一样。不过我没试过，不知道可不可以。
很粗鲁的办法，把两个文件都打开，复制，年铁可不可以。。。。
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timeflies..
4楼2010-08-17 16:33:53
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