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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】RACE特异引物不够特异
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xiaoru2010

[交流] 【求助/交流】RACE特异引物不够特异 已有4人参与

做了3‘、5’RACE，一次出带，但克隆测序结果为同类但不是我要的基因，因此要重新设计引物。将之前特异引物扩到的1035片段比对后，前175和850以后都是特异片段，因此在850-1035之间设计3‘RACE特异引物，将设计出的引物BLAST，下面还是有很多同源性很高的基因（连住十几个都相同的碱基），但都是人类还有其他动物的基因，我做的是草莓成花基因，请问高手这样的引物算特异吗？？？去做RACE会不会扩出人类基因，高手快出现吧
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1楼 2010-08-02 18:26:57
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linxi8579

铜虫 (正式写手)
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Originally posted by xiaoru2010 at 2010-08-02 18:26:57:
做了3‘、5’RACE，一次出带，但克隆测序结果为同类但不是我要的基因，因此要重新设计引物。将之前特异引物扩到的1035片段比对后，前175和850以后都是特异片段，因此在850-1035之间设计3‘RACE特异引物，将设计出 ...

你扩草莓的，如果在自身的基因组里没有错配只是人里有错配的话那模板制备时谨慎一点啊。
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2楼2010-08-02 20:51:24
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
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scelab(金币+1):hehe 2010-08-02 22:50:16
你做草莓的，你管人类和其他物种干什么，你不是只是提取的草莓的RNA吗？真奇怪
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3楼2010-08-02 22:37:54
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fungixx

至尊木虫 (文坛精英)

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不会的，你的模板是草莓RNA反转录的，怎么会有人类的基因呢.......
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几年前踏上火车那一刻都还没有意识到,从此故乡只有冬夏,再无春秋
4楼2010-08-03 00:25:08
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xiaoru2010

谢谢各位了，但是之前我用兼并引物扩一些100多bp的保守区小片段时就扩出人的基因来了……
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5楼2010-08-03 08:12:17
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
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Originally posted by xiaoru2010 at 2010-08-03 08:12:17:
谢谢各位了，但是之前我用兼并引物扩一些100多bp的保守区小片段时就扩出人的基因来了……

这样我建议你操作的时候注意一点，不要污染了，可能你人为的引入人类的DNA
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6楼2010-08-04 15:11:31
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fungixx

至尊木虫 (文坛精英)

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呵呵　你多设计几条GSP吧 做巢式pcr吧
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几年前踏上火车那一刻都还没有意识到,从此故乡只有冬夏,再无春秋
7楼2010-08-05 13:44:15
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xiaoru2010

引用回帖:
Originally posted by fungixx at 2010-08-05 13:44:15:
呵呵　你多设计几条GSP吧 做巢式pcr吧

第一次结果又带也要巢式吗？我第一遍P完是很清晰的一条带，一点弥散都没有，再巢式也不会有结果吧
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8楼2010-08-06 10:38:43
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