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望月台

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】大肠杆菌BW25113基因型意思? 已有5人参与

各位虫友好:
      大肠杆菌BW25113 网上查的genetype 是∆(araD-araB)567, ∆lacZ4787(::rrnB-3), lambda-, rph-1, ∆(rhaD-rhaB)568, hsdR514,想请教一下,∆(araD-araB)567表示什么意思? 谢谢!

PS:我知道BW25113不能降解阿拉伯糖,∆(araD-araB)应该表示araDAB 缺失,但567实在不知道什么意思,是不是什么编号之类的?

[ Last edited by 望月台 on 2010-7-27 at 21:10 ]
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 望月台 at 2010-07-27 20:25:34:
各位虫友好:
      大肠杆菌BW25113 网上查的genetype 是∆(araD-araB)567, ∆lacZ4787(::rrnB-3), lambda-, rph-1, ∆(rhaD-rhaB)568, hsdR514,想请教一下,∆(araD-araB)567表示什么意思 ...

求助一下,请问你有BW25113吗?
我们都是芸芸众生的小人物,相遇相知,都是幸福!
5楼2010-10-07 22:07:22
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刘小乐

铜虫 (小有名气)

这么复杂的数据,表示不知道 帮顶
互动互利互相学习
3楼2010-07-28 09:59:26
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望月台

木虫 (小有名气)

就是不确定567只是一个编号呢?还是这个operon 的567位存在一个什么突变之类的,导致araBAD 功能的丧失? 求高人解答啊
4楼2010-07-28 10:39:37
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csyhaoge

银虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
BW25113 is a derivative of the F-, λ-, E. coli K-12 strain BD792 (CGSC6159)[1], which is a derivative of E. coli K-12 W1485. According to the CGSC, BD792 carries rpoS396(Am), but this mutation is not listed in the published genotype for BW25113, as according to Baba 2006 [2], a pseudoreversion rpoS (Q33) allele was transferred from MG1655 into a predecessor of BW25113.

BW25113 was used to make the Keio Collection of single-gene knockouts. [2] [1] Available from the Coli Genetics Stock Center: CGSC#7636 The genotype for BW25113 in Datsenko et al. [1] said the strain is lacIQ, but it was later shown to be lacI+ Baba et al. (Supplementary Table 1)[2].
According to the CGSC, lacZ4787(del) has 4 tandem copies of the rrnB transcriptional terminator inserted by gene replacement into the region extending from near the SacII site near the N-terminus of lacZ through the promoter.
References

See Help:References for how to manage references in EcoliWiki.
↑ 1.0 1.1 1.2 1.3 Datsenko, KA & Wanner, BL (2000) One-step inactivation of chromosomal genes in Escherichia coli K-12 using PCR products. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97 6640-5 PubMed EcoliWiki page
↑ 2.0 2.1 2.2 2.3 Baba, T et al. (2006) Construction of Escherichia coli K-12 in-frame, single-gene knockout mutants: the Keio collection. Mol. Syst. Biol. 2 2006.0008 PubMed EcoliWiki page
详细信息:http://ecoliwiki.net/colipedia/index.php/BW25113

PS:该菌株是日本庆应义塾大学(Keio collection)常用于大肠杆菌基因敲除的野生型菌株(WT)。
6楼2015-02-13 23:07:31
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