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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】只是优化后文件,没有restart文件,能继续跑吗已有3人参与

我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff(12)就行,没理解错的话应该没错。
我今下午做了一个conf,先把体系固定在水溶液中,水分子不固定,对体系只做优化relax,程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件,因为只是优化,没有restart文件。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有,结果看到水中原子都没变,想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟,现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0,然后 ?我优化了500000步,这个firsttimestep 后面跟500001就行吧

[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ]
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-27 09:17:15:
deleted ............................

版主,你的nanotube.tcl我试了试,也不是说想建什么样的就能建什么样的。比如说我想建个  6.887  41 12,它建出来的看上去比6.887nm长多啦,我用别的软件量了量管长,都20多nm啦
21楼2010-06-30 08:32:24
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查看全部 23 个回答

wujiangjie

木虫 (正式写手)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-21 19:56:09
574384607(金币+1): 2010-06-21 21:20:44
LZ要psf文件干嘛?在VMD导出中应该可以设置然后得到这个文件吧
2楼2010-06-21 19:24:58
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574384607

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-21 19:24:58:
LZ要psf文件干嘛?在VMD导出中应该可以设置然后得到这个文件吧

lz是什么意思?你是指的碳纳米管吗,不是吧。
我觉得namd要运行conf文件,应该必定需要调用读取pdb和psf文件吧?
不能成功的通过vmd自动生成cnt的psf文件,网上说是因为拓扑结构不合适的原因
3楼2010-06-21 21:26:36
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-22 10:52:21
574384607(金币+4): 2010-06-22 15:44:07
4楼2010-06-22 10:09:40
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