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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子模拟时各物质所处的条件
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匿名

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1楼 2010-06-17 18:41:44
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-21 16:39:13
如果使用的是分子对接，没有温度和其他因素的考虑，唯一考虑的只有PH值，PH反应在对接软件里面就是质子化作用，互变异构。比如蛋白质的所处环境决定了我们在对接前对其加氢时候的考虑，比如组氨酸残基（HIS）应该产用哪个构象。
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10楼2010-06-21 16:27:31
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-22 10:54:00
处于什么条件，不是你给定的么?
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2楼2010-06-17 19:21:17
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匿名

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3楼2010-06-17 19:27:51
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-18 08:29:12
不知道你模拟的是什么东东。首先温度肯定是你自己定的，如果你没有给定，也可以对输出的温度求平均得到。
至于浓度，如果你研究的是溶液，浓度条件是你自己设定的啊。如果你模拟的是纯物质，那又怎么会有浓度问题？
说到模拟的可信度，首先，这个方法是全世界的人都用的，在其适用范围内，其原理没有受到多少质疑。其次，具体到某一个模拟工作，其结果的可信度主要取决于算法是否正确（真正体现了过程的物理本质），以及计算是否准确（比如程序是否有错误），这个就不好回答了。
你老板不是搞模拟的吧。
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4楼2010-06-17 19:55:07
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