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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 【求助/交流】扩一个基因cDNA序列,如何处理碱基突变问题?
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zgb1982

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】扩一个基因cDNA序列,如何处理碱基突变问题? 已有6人参与

最近在扩增一个拟南芥基因的cDNA序列,连T测序后对比发现,与网上序列存在几个碱基突变,1.5kb居然有7个突变单碱基,分不清楚是基因本身的突变还是扩增过程之后产生的突变呢?后面想做超表达,这样应该不能做吧,会不会和网上的序列由于生态型的不同基因本身就不同呢?
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1楼 2010-06-13 23:42:04
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ljsh

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-06-14 08:54:44
建议使用高保真酶进行PCR，如Accuprime Pfx DNA Polymerase。
某一位点确需特定基因型特征，可采用mutagenessis
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2楼2010-06-14 01:50:38
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cnlics

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-06-14 08:54:54
从mRNA得到的DNA与数据库中的数据相比有碱基差异很正常，大多数情况下不是酶的原因。对你来说，最关键的是需要知道碱基的变化有没有影响蛋白质的序列。

更为重要的是，你需要把你的序列提交到GenBank中去（也可以提交到EMBL或者DDBJ，但推荐GenBank）。
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3楼2010-06-14 03:20:40
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张力民1598

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这个不好讲，楼上两位的说的我都同意，发生这种情况可能由于SNP导致的
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4楼2010-06-14 11:51:34
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zgb1982

木虫 (正式写手)
谢谢各位!
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5楼2010-06-23 11:05:59
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walker2898

银虫 (小有名气)
一楼说的方法就很好，高保真酶可以解决这个问题。
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6楼2010-06-23 11:14:54
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世外清风

铁杆木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
做个重复，对比下就知道是不是扩增问题还是自身问题了，祝福！
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7楼2012-05-15 13:19:32
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