| 查看: 632 | 回复: 2 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
baoer3808银虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】产生psf文件的问题 已有2人参与
|
||
| 我现在想单独做一个水盒子的模拟，请教一下它的psf文件怎样产生？它的势参数怎样加进去？请大家指点,谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有7人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有8人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有8人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有8人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
找导师
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 有人用过Octopus pseudopotential generator网页产生赝势吗？
已经有8人回复
- psf文件中 每一个参数的意义
已经有7人回复
- 【求助】产生psf文件时出现的Missing atoms for conformation definition
已经有8人回复
- 【求助】如何在siesta中设置ghost state原子的计算
已经有16人回复
- 【求助】蛋白已镶嵌入膜，现在solvating出现错误
已经有4人回复
- 【求助】水总去不掉，请指点（已解决，谢谢各位帮助）
已经有8人回复
- 【求助】无法生成环糊精的psf文件
已经有4人回复
- 【讨论】水分子的两个HT原子之间不应该成键
已经有8人回复
- 【求助】如何合并文件 pdb psf
已经有4人回复
- 【求助】请教在ATK中怎样使用自己的或者Siesta的赝势
已经有4人回复
- 【求助】siesta运行需要.psf文件吗
已经有4人回复
- 【求助】求助psf文件的生成
已经有4人回复
- 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件
已经有11人回复
- 【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
- 【求助】namd和vmd就只能识别.pdb.psf.coor.vel等文件吗
已经有6人回复
baoer3808
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 613.6
- 散金: 15
- 帖子: 172
- 在线: 17.4小时
- 虫号: 725583
- 注册: 2009-03-18
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
3楼2010-06-13 15:20:47
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-13 12:48:30
baoer3808(金币+5): 2010-06-13 15:18:47
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-13 12:48:30
baoer3808(金币+5): 2010-06-13 15:18:47
| 首先不推荐来模拟水盒子，根据namd主页上面的说法是，目前水分子是最难模拟的，这个是世界级别的难题，模拟效果不好，水分子模拟和蛋白质模拟起来最大的区别是你模拟水盒子的时候，可以说是模拟了成百上千个蛋白质，因为你模拟蛋白质只有一个蛋白子分子，模拟的盒子里面包含有很多水分子，工作量很大，如果不是为了专门模拟水分子的话，没必要，也模拟不了，至于要产生psf文件，这个几乎不可行，水分子单独有空间结构，这个是可以产生psf文档的，但是在一个盒子里面，水分子距离以及相互作用都不知道，也就说不可模拟，这点和蛋白质核心上的区别 |
2楼2010-06-13 12:34:42
