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baoer3808银虫 (小有名气)
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【求助】产生psf文件的问题 已有2人参与
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| 我现在想单独做一个水盒子的模拟，请教一下它的psf文件怎样产生？它的势参数怎样加进去？请大家指点,谢谢！ |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-13 12:48:30
baoer3808(金币+5): 2010-06-13 15:18:47
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baoer3808(金币+5): 2010-06-13 15:18:47
| 首先不推荐来模拟水盒子，根据namd主页上面的说法是，目前水分子是最难模拟的，这个是世界级别的难题，模拟效果不好，水分子模拟和蛋白质模拟起来最大的区别是你模拟水盒子的时候，可以说是模拟了成百上千个蛋白质，因为你模拟蛋白质只有一个蛋白子分子，模拟的盒子里面包含有很多水分子，工作量很大，如果不是为了专门模拟水分子的话，没必要，也模拟不了，至于要产生psf文件，这个几乎不可行，水分子单独有空间结构，这个是可以产生psf文档的，但是在一个盒子里面，水分子距离以及相互作用都不知道，也就说不可模拟，这点和蛋白质核心上的区别 |
2楼2010-06-13 12:34:42
baoer3808
银虫 (小有名气)
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3楼2010-06-13 15:20:47
