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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【求助】关于shelx加氢的问题
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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】关于shelx加氢的问题 已有5人参与

在精修的最后我对NH3中的N进行加氢，用HFIX 33， 但是最后出来有两个N上的氢变成了如下图那样的3对。谁知道是怎么回事吗？
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1楼 2010-06-10 22:42:24
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bqbcx

木虫 (正式写手)
yanhualover:谢谢交流 2010-06-13 08:08:19
空间占有率为0.5之故
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2楼2010-06-10 22:54:42
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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bqbcx at 2010-06-10 15:54:42:
空间占有率为0.5之故

好像是这个问题，那么应该怎么改？把H的占有率都改为1吗？

[ Last edited by rain841230 on 2010-6-10 at 15:59 ]
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3楼2010-06-10 22:58:07
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文言文

铁杆木虫 (著名写手)
★
yanhualover(金币+1):谢谢交流 2010-06-13 08:08:31
你在ins文件中看看有没有N上面的氢又没有坐标一样的，有坐标一样的，占有率为0.5吧？删掉一个，然后把另一个的占有率改为1.0，就好了！
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4楼2010-06-11 07:46:37
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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 文言文 at 2010-06-11 00:46:37:
你在ins文件中看看有没有N上面的氢又没有坐标一样的，有坐标一样的，占有率为0.5吧？删掉一个，然后把另一个的占有率改为1.0，就好了！

那个位置的氢的坐标是唯一的，占有率是0.5， 不知道怎么改。。。。
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5楼2010-06-11 15:18:06
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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)
★
wsht212(金币+1):谢谢LZ交流 2010-06-13 23:29:54
大家帮我看一下res文件，我不知道哪里要改。。。谢谢了！

TITL jzjun10a in Pnma
CELL 0.71073  13.2903   7.5220  15.0990  90.000  90.000  90.000
ZERR    4.00   0.0027   0.0015   0.0030   0.000   0.000   0.000
LATT  1
SYMM 0.5-X, -Y, 0.5+Z
SYMM -X, 0.5+Y, -Z
SYMM 0.5+X, 0.5-Y, 0.5-Z
SFAC N H GA I
UNIT 28 84 4 12

L.S. 4
BOND
FMAP 2
PLAN 20

TEMP -170
LIST 3
WGHT    0.100000
FVAR       0.17769
I1    4    0.386071    0.250000    0.452813    10.50000    0.01200    0.01287 =
         0.01268    0.00000   -0.00027    0.00000
I2    4    0.061739    0.250000    0.362806    10.50000    0.01283    0.01714 =
         0.01447    0.00000    0.00211    0.00000
I3    4    0.164740    0.250000   -0.263670    10.50000    0.02258    0.01410 =
         0.01323    0.00000    0.00029    0.00000
GA4   3    0.226306    0.250000    0.097217    10.50000    0.00988    0.00931 =
         0.00810    0.00000    0.00072    0.00000
N1    1    0.298827    0.250000    0.219022    10.50000    0.01645    0.01475 =
         0.00927    0.00000   -0.00287    0.00000
AFIX  33
H1A   2    0.268844    0.330358    0.255534    11.00000   -1.50000
H1B   2    0.364598    0.279921    0.211363    11.00000   -1.50000
H1C   2    0.294824    0.139720    0.243550    11.00000   -1.50000
AFIX   0
N2    1    0.321023    0.056802    0.047131    11.00000    0.01587    0.01676 =
         0.01844   -0.00513   -0.00095    0.00063
AFIX  33
H2A   2    0.296012   -0.052637    0.060371    11.00000   -1.50000
H2B   2    0.383185    0.068988    0.071660    11.00000   -1.50000
H2C   2    0.325590    0.068958   -0.012698    11.00000   -1.50000
AFIX   0
N3    1    0.130646    0.052676    0.146440    11.00000    0.01541    0.02347 =
         0.00708   -0.00069    0.00268    0.00045
AFIX  33
H3A   2    0.077501    0.104380    0.174380    11.00000   -1.50000
H3B   2    0.164924   -0.016744    0.185503    11.00000   -1.50000
H3C   2    0.107879   -0.015489    0.100859    11.00000   -1.50000
AFIX   0
N4    1    0.147955    0.250000   -0.022404    10.50000    0.01842    0.01951 =
         0.01010    0.00000   -0.00150    0.00000
AFIX  33
H4A   2    0.096861    0.330346   -0.019664    11.00000   -1.50000
H4B   2    0.122285    0.139716   -0.032566    11.00000   -1.50000
H4C   2    0.190521    0.279938   -0.067194    11.00000   -1.50000
AFIX   0
N5    1    0.098908   -0.250000    0.379726    10.50000    0.02773    0.02662 =
         0.02262    0.00000   -0.01804    0.00000
HKLF 4

REM  jzjun10a in Pnma
REM R1 =  0.0518 for   1782 Fo > 4sig(Fo)  and  0.0616 for all   1987 data
REM     61 parameters refined using      0 restraints

END  
     
WGHT      0.0359     36.3504
REM Highest difference peak  1.592,  deepest hole -1.672,  1-sigma level  0.307
Q1    1   0.2978  0.2500 -0.2167  10.50000  0.05    1.59
Q2    1   0.3048 -0.2500  0.1212  10.50000  0.05    1.17
Q3    1   0.2872  0.2500  0.2697  10.50000  0.05    1.15
Q4    1   0.0343  0.2500  0.0877  10.50000  0.05    1.14
Q5    1   0.2618  0.2500  0.4226  10.50000  0.05    1.09
Q6    1  -0.0051  0.2500  0.4500  10.50000  0.05    1.02
Q7    1   0.0853 -0.2500  0.2205  10.50000  0.05    1.01
Q8    1   0.0630  0.2500  0.4155  10.50000  0.05    1.00
Q9    1   0.0714  0.2500  0.2309  10.50000  0.05    0.96
Q10   1   0.1599 -0.2500  0.3270  10.50000  0.05    0.95
Q11   1   0.1791 -0.0565  0.1507  11.00000  0.05    0.93
Q12   1   0.1965  0.2500  0.4085  10.50000  0.05    0.92
Q13   1   0.0938  0.1324  0.0821  11.00000  0.05    0.92
Q14   1   0.4607  0.2500  0.5237  10.50000  0.05    0.88
Q15   1   0.2184  0.2500  0.2292  10.50000  0.05    0.86
Q16   1   0.0059  0.2500 -0.1284  10.50000  0.05    0.86
Q17   1   0.1760  0.2500  0.1011  10.50000  0.05    0.85
Q18   1   0.0809 -0.2500  0.0968  10.50000  0.05    0.84
Q19   1   0.4560  0.2500  0.5560  10.50000  0.05    0.84
Q20   1   0.0452  0.1777 -0.2535  11.00000  0.05    0.84

[ Last edited by rain841230 on 2010-6-12 at 21:55 ]
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6楼2010-06-13 04:52:55
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铁杆木虫 (著名写手)
★
wsht212(金币+1):谢谢交流，希望常来 2010-06-13 23:30:03
N4    1    0.147955    0.250000   -0.022404    10.50000    0.01842    0.01951 =
         0.01010    0.00000   -0.00150    0.00000
AFIX  33
H4A   2    0.096861    0.330346   -0.019664    11.00000   -1.50000
H4B   2    0.122285    0.139716   -0.032566    11.00000   -1.50000
H4C   2    0.190521    0.279938   -0.067194    11.00000   -1.50000
AFIX   0
N4上面的氢加的不对，你母体原子的占有率才0.5，你加上的氢的占有率之和只能为1.5才对，你把你的晶体上传到纳米盘，我给你看看，你发消息给我。
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7楼2010-06-13 08:12:53
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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 文言文 at 2010-06-13 01:12:53:
N4    1    0.147955    0.250000   -0.022404    10.50000    0.01842    0.01951 =
         0.01010    0.00000   -0.00150    0.00000
AFIX  33
H4A   2    0.096861    0.330346   -0.019664    11.00000 ...

因为2L说是0.5的占有率造成的，所以我都改成1了，可是画出的图还是有2个H。。。给你短消息了，谢谢！
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8楼2010-06-13 20:52:10
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文言文

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
wsht212(金币+2):谢谢交流，希望常来！ 2010-06-14 08:56:29
rain841230(金币+3):谢谢！ 2010-06-14 15:54:21
你的晶体问题我看了，这个问题解决不了，我试了137,33都是你那样的结果造成这个问题的原因是这样的，在你的这个晶体中有一个对称面，这个对称面通过Ga4，N1，N4，这就是为什么这三个原子的占有率是0.5的原因。我们在加氢的时候一般都用理论加氢，这样方便，这样加氢，加氢的时候氢原子都是绑定在母体原子上，因此你给N1，和N4加氢的时候每个氢原子的占有率因该都为0.5，由于存在对称面，而且这些氢原子不存在与对称面上因此才会出现你说的问题，一般作图的时候，我都是将对称操作产生H的删掉，这样表面上看起来比较合理。还请高手指点！
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9楼2010-06-14 08:34:33
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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)
wsht212:谢谢交流，希望常来！ 2010-06-16 11:59:45
引用回帖:
Originally posted by 文言文 at 2010-06-14 01:34:33:
你的晶体问题我看了，这个问题解决不了，我试了137,33都是你那样的结果造成这个问题的原因是这样的，在你的这个晶体中有一个对称面，这个对称面通过Ga4，N1，N4，这就是为什么这三个原子的占有率是0.5的原因。我们 ...

原来如此，多谢相助，我再想想有什么解决办法。要不就要去中子衍射了
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10楼2010-06-14 22:54:03
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