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【求助】关于shelx加氢的问题 已有5人参与
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在精修的最后我对NH3中的N进行加氢，用HFIX 33， 但是最后出来有两个N上的氢变成了如下图那样的3对。谁知道是怎么回事吗？ |
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wsht212(金币+1):谢谢LZ交流 2010-06-13 23:29:54
wsht212(金币+1):谢谢LZ交流 2010-06-13 23:29:54
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大家帮我看一下res文件，我不知道哪里要改。。。谢谢了！ TITL jzjun10a in Pnma CELL 0.71073 13.2903 7.5220 15.0990 90.000 90.000 90.000 ZERR 4.00 0.0027 0.0015 0.0030 0.000 0.000 0.000 LATT 1 SYMM 0.5-X, -Y, 0.5+Z SYMM -X, 0.5+Y, -Z SYMM 0.5+X, 0.5-Y, 0.5-Z SFAC N H GA I UNIT 28 84 4 12 L.S. 4 BOND FMAP 2 PLAN 20 TEMP -170 LIST 3 WGHT 0.100000 FVAR 0.17769 I1 4 0.386071 0.250000 0.452813 10.50000 0.01200 0.01287 = 0.01268 0.00000 -0.00027 0.00000 I2 4 0.061739 0.250000 0.362806 10.50000 0.01283 0.01714 = 0.01447 0.00000 0.00211 0.00000 I3 4 0.164740 0.250000 -0.263670 10.50000 0.02258 0.01410 = 0.01323 0.00000 0.00029 0.00000 GA4 3 0.226306 0.250000 0.097217 10.50000 0.00988 0.00931 = 0.00810 0.00000 0.00072 0.00000 N1 1 0.298827 0.250000 0.219022 10.50000 0.01645 0.01475 = 0.00927 0.00000 -0.00287 0.00000 AFIX 33 H1A 2 0.268844 0.330358 0.255534 11.00000 -1.50000 H1B 2 0.364598 0.279921 0.211363 11.00000 -1.50000 H1C 2 0.294824 0.139720 0.243550 11.00000 -1.50000 AFIX 0 N2 1 0.321023 0.056802 0.047131 11.00000 0.01587 0.01676 = 0.01844 -0.00513 -0.00095 0.00063 AFIX 33 H2A 2 0.296012 -0.052637 0.060371 11.00000 -1.50000 H2B 2 0.383185 0.068988 0.071660 11.00000 -1.50000 H2C 2 0.325590 0.068958 -0.012698 11.00000 -1.50000 AFIX 0 N3 1 0.130646 0.052676 0.146440 11.00000 0.01541 0.02347 = 0.00708 -0.00069 0.00268 0.00045 AFIX 33 H3A 2 0.077501 0.104380 0.174380 11.00000 -1.50000 H3B 2 0.164924 -0.016744 0.185503 11.00000 -1.50000 H3C 2 0.107879 -0.015489 0.100859 11.00000 -1.50000 AFIX 0 N4 1 0.147955 0.250000 -0.022404 10.50000 0.01842 0.01951 = 0.01010 0.00000 -0.00150 0.00000 AFIX 33 H4A 2 0.096861 0.330346 -0.019664 11.00000 -1.50000 H4B 2 0.122285 0.139716 -0.032566 11.00000 -1.50000 H4C 2 0.190521 0.279938 -0.067194 11.00000 -1.50000 AFIX 0 N5 1 0.098908 -0.250000 0.379726 10.50000 0.02773 0.02662 = 0.02262 0.00000 -0.01804 0.00000 HKLF 4 REM jzjun10a in Pnma REM R1 = 0.0518 for 1782 Fo > 4sig(Fo) and 0.0616 for all 1987 data REM 61 parameters refined using 0 restraints END WGHT 0.0359 36.3504 REM Highest difference peak 1.592, deepest hole -1.672, 1-sigma level 0.307 Q1 1 0.2978 0.2500 -0.2167 10.50000 0.05 1.59 Q2 1 0.3048 -0.2500 0.1212 10.50000 0.05 1.17 Q3 1 0.2872 0.2500 0.2697 10.50000 0.05 1.15 Q4 1 0.0343 0.2500 0.0877 10.50000 0.05 1.14 Q5 1 0.2618 0.2500 0.4226 10.50000 0.05 1.09 Q6 1 -0.0051 0.2500 0.4500 10.50000 0.05 1.02 Q7 1 0.0853 -0.2500 0.2205 10.50000 0.05 1.01 Q8 1 0.0630 0.2500 0.4155 10.50000 0.05 1.00 Q9 1 0.0714 0.2500 0.2309 10.50000 0.05 0.96 Q10 1 0.1599 -0.2500 0.3270 10.50000 0.05 0.95 Q11 1 0.1791 -0.0565 0.1507 11.00000 0.05 0.93 Q12 1 0.1965 0.2500 0.4085 10.50000 0.05 0.92 Q13 1 0.0938 0.1324 0.0821 11.00000 0.05 0.92 Q14 1 0.4607 0.2500 0.5237 10.50000 0.05 0.88 Q15 1 0.2184 0.2500 0.2292 10.50000 0.05 0.86 Q16 1 0.0059 0.2500 -0.1284 10.50000 0.05 0.86 Q17 1 0.1760 0.2500 0.1011 10.50000 0.05 0.85 Q18 1 0.0809 -0.2500 0.0968 10.50000 0.05 0.84 Q19 1 0.4560 0.2500 0.5560 10.50000 0.05 0.84 Q20 1 0.0452 0.1777 -0.2535 11.00000 0.05 0.84 [ Last edited by rain841230 on 2010-6-12 at 21:55 ] |
6楼2010-06-13 04:52:55
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wsht212(金币+1):谢谢交流，希望常来 2010-06-13 23:30:03
wsht212(金币+1):谢谢交流，希望常来 2010-06-13 23:30:03
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N4 1 0.147955 0.250000 -0.022404 10.50000 0.01842 0.01951 = 0.01010 0.00000 -0.00150 0.00000 AFIX 33 H4A 2 0.096861 0.330346 -0.019664 11.00000 -1.50000 H4B 2 0.122285 0.139716 -0.032566 11.00000 -1.50000 H4C 2 0.190521 0.279938 -0.067194 11.00000 -1.50000 AFIX 0 N4上面的氢加的不对，你母体原子的占有率才0.5，你加上的氢的占有率之和只能为1.5才对，你把你的晶体上传到纳米盘，我给你看看，你发消息给我。 |
7楼2010-06-13 08:12:53
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8楼2010-06-13 20:52:10
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rain841230(金币+3):谢谢！ 2010-06-14 15:54:21
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rain841230(金币+3):谢谢！ 2010-06-14 15:54:21
| 你的晶体问题我看了，这个问题解决不了，我试了137,33都是你那样的结果造成这个问题的原因是这样的，在你的这个晶体中有一个对称面，这个对称面通过Ga4，N1，N4，这就是为什么这三个原子的占有率是0.5的原因。我们在加氢的时候一般都用理论加氢，这样方便，这样加氢，加氢的时候氢原子都是绑定在母体原子上，因此你给N1，和N4加氢的时候每个氢原子的占有率因该都为0.5，由于存在对称面，而且这些氢原子不存在与对称面上因此才会出现你说的问题，一般作图的时候，我都是将对称操作产生H的删掉，这样表面上看起来比较合理。还请高手指点！ |
9楼2010-06-14 08:34:33
rain841230
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10楼2010-06-14 22:54:03
