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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】生物小实验求助
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花底离愁

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】生物小实验求助已有3人参与

请问，我要筛8个物种的SSR引物通用性及多态性。我现在打算先随机拿一个物种出来进行初筛，然后分析这个物种的引物在其他物种中的通用性。那我PCR的时候，每个PCR体系和程序会要变吗？每一个都要优化吗？还有聚丙烯酰胺的电泳图怎么看呢？怎么分析多态性呢？非常之感谢啊
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1楼2010-05-26 22:31:39
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liyong1981

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+2):谢谢交流！:tiger06: 2010-05-27 22:02:03
楼上的，看你问的，完全不懂SSR啊，分子标记，你最好把这几种引物都用一下，后续你还不是要做AFLP,SCAR，你问的这些问题可以有一本书厚～
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2楼2010-05-27 15:45:50
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花底离愁

新虫 (初入文坛)
谢谢，请问能给推荐本介绍SSR比较详细的书或者文献看看嘛？非常感谢啊。我确实不懂啊。呵呵
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3楼2010-05-27 21:24:41
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liyong1981

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你去图书馆看一下咯，有很多的，分子标记啊，原理啊，总之，你去农大这类学校，他们很多人做这个～
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4楼2010-05-28 16:29:59
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花底离愁

新虫 (初入文坛)
谢谢，谢谢哦
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5楼2010-05-30 15:47:28
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+5):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-05-30 21:19:32
我觉得你现在这个实验设计的就有点问题，你不能拿其中一个物种来初筛，这样很有可能，原本在其他物种中可以成功扩增的引物，因为在这个物种中无法扩增而被你抛弃。
所以，我认为目前最合理的方法是将八个物种的DNA混合，获得基因池，用基因池来筛选引物，这样就不会出现漏掉某个引物的情况了。

PCR体系对于微卫星来说，使用酶说明书的肯定没有任何问题，基本不需要调整

PCR程序需要优化，退火温度需要调整，每个引物都有自己特异的温度，这是做微卫星相对麻烦的地方，如果你的PCR仪带梯度，相对就简单一些。建议你做降落PCR，5度一筛基本上该能跑出来的都应该能跑出来，会简便很多

筛选微卫星引物的原则：
1、目的大小处，有一条或两条带就算相对较好的引物（没有杂带最好，如果杂带相距较远，也可以忽略）
2、没有扩增出条带的引物，降低退火温度，如果温度已降至45度以下仍无法成功扩增该位点，抛弃该引物，如果还想获得该位点，就需要重新设计引物
3、扩增条带模糊或者较浅的引物，稍微降低退火温度即可
4、扩增出现杂带的引物，适当升高退火温度
5、如果所有个体都出相同的一条带，被视为无多态性的位点，通常抛弃该位点（当然，不同的实验目的可能没有多态的位点也是有意义的）

[ Last edited by yujiaping1 on 2010-5-30 at 21:22 ]
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6楼2010-05-30 17:58:23
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