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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【求助】大家帮我看看对于无序的溶剂分子如此正确处理？
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】大家帮我看看对于无序的溶剂分子如此正确处理？ 已有4人参与

我的结构中有两个独立的甲醇CH3OH溶剂分子，它们的氧原子都是无序的，并可找到在每个O原子旁边都有个Q（1.29，1.56)残峰，分别定义为O7', O8'。 在res文件中分别做如下变动：



same C29 O7 C29 O7'
C29    1   0.077512  0.738196  0.389123 10.500000  0.125780  0.057390 =
           0.031800 -0.005980  0.004650 -0.038370
AFIX 137
H29A   2   0.090129  0.766425  0.439870 10.500000 -1.500000
H29B   2   0.056775  0.778432  0.356668 10.500000 -1.500000
H29C   2   0.103629  0.721107  0.358019 10.500000 -1.500000
AFIX 0
O7     4   0.049875  0.659294  0.408799 10.500000  0.160580  0.687290 =
           0.902020  0.618200 -0.135650 -0.143690
O7'    4   0.050500  0.678200  0.379700 10.500000  0.050000
afix 147
H33    2   0.061709  0.645789  0.460684 11.000000  -1.5
afix 0



SAME C33 O8 C33 O8'
C33    1   0.417322  0.742677  0.150674 10.500000  0.147560
AFIX 137
H33A   2   0.436970  0.709938  0.192083 10.500000 -1.500000
H33B   2   0.418212  0.714857  0.097429 10.500000 -1.500000
H33C   2   0.384722  0.744078  0.164972 10.500000 -1.500000
AFIX 0
O8     4   0.434422  0.826530  0.147184 10.500000  0.199260  0.622860 =
           0.466600 -0.329290  0.219120 -0.254560
O8'    4   0.423200  0.839100  0.126600 10.500000  0.050000
AFIX 147
H8     2   0.459327  0.826485  0.123757 11.000000 -1.500000
AFIX 0

我的主要意思是能让甲醇中C原子有三个氢原子，保持C原子的SP3杂化构型。可是竟然不能精修。提示C原子的链接状态不对! 请问是我的命令加的有问题吗？ 应该如何改动？ 多谢了！

[ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-25 at 12:01 ]
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There is a will,there is a way.
1楼 2010-05-25 11:55:53
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
您说的没错。我后来发现也没必要加SAME命令。最后我的措施是，删除C上的理论加的H原子，用PART命令，精修后如图示。




问题是，我实在是技穷于如何给C加上H，我也知道是要加两套，尝试用part 和afix命令，如下，可是无法精修。警告为：C29 NOT BONDED TO SUITABLE ATOM FOR AFIX

C29    1   0.079328  0.740455  0.389474 11.000000  0.112010  0.050760 =
           0.036690  0.008560  0.001170  0.022990

PART 1
AFIX 137
H29A   2   0  0  0  10.50000 -1.5
H29B   2   0  0  0  10.50000 -1.5
H29C   2   0  0  0  10.50000 -1.5
AFIX 0
PART 2
AFIX 137
H29D   2   0  0  0  10.50000 -1.5
H29E   2   0  0  0  10.50000 -1.5
H29F   2   0  0  0  10.50000 -1.5
AFIX 0
PART 1
O7'    4   0.050069  0.663745  0.386007 10.500000  0.145980  0.609370 =
           0.668760 -0.579650 -0.079440  0.122330
PART 2
O7     4   0.053091  0.673034  0.426211 10.500000  0.145980  0.609370 =
           0.668760 -0.579650 -0.079440  0.122330
PART 0
AFIX 147
H7A    2   0.071743  0.634038  0.444499 11.000000 -1.500000
AFIX 0


盼解！
引用回帖:
Originally posted by wsyy163 at 2010-05-25 19:12:47:
same 乱用会造成精修不稳定
一个简单的甲醇无序，用不着用same这种高级指令。
如果楼主想练习的话，还需注意以下两点：
（1）键长键角的设置
（2）氢原子应该加两套，分别加，而且方向要合适

[ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-26 at 10:41 ]
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There is a will,there is a way.
9楼2010-05-26 10:39:50
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hao_jian

木虫 (正式写手)
★
Inorg@USF(金币+5):谢谢你的帮助，我重新做了，一起从头开始。 2010-05-25 13:44:24
wsht212(金币+1):谢谢交流，希望常来！ 2010-05-25 15:03:07
光改占有率不行，无序原子应该放在不同的part里面，否则程序不能识别C上接了几个O，也就不知道该加几个H。

请给出C29-O7'和C33-O8的键长，看起来O7和O8‘象H
通常羟基不容易无序，因为有氢键给他定位。
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2楼2010-05-25 12:06:33
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
谢谢回应！

我之前也用part命令做了一下，如下：


REM ************ Methanol group 1 ****************
same C29 O7 C29 O7'
C29    1   0.077512  0.738196  0.389123 10.500000  0.125780  0.057390 =
           0.031800 -0.005980  0.004650 -0.038370
part1
AFIX 137
H29A   2   0.090129  0.766425  0.439870 21.00000 -1.500000
H29B   2   0.056775  0.778432  0.356668 21.00000 -1.500000
H29C   2   0.103629  0.721107  0.358019 21.00000 -1.500000
AFIX 0
part 2
AFIX 137
H29D   2   0  0  0 -21.00000 -1.500000
H29E   2   0  0  0 -21.00000 -1.500000
H29F   2   0  0  0 -21.00000 -1.500000
AFIX 0
part 1
O7     4   0.049875  0.659294  0.408799 10.500000  0.160580  0.687290 =
           0.902020  0.618200 -0.135650 -0.143690
part 2
O7'    4   0.050500  0.678200  0.379700 10.500000  0.050000
afix 147
H33    2   0.061709  0.645789  0.460684 11.000000  -1.5
afix 0
part 0
REM ************ Methanol group 1 ****************


REM ************ Methanol group 2 ****************
SAME C33 O8 C33 O8'
C33    1   0.417322  0.742677  0.150674 10.500000  0.147560
part 1
AFIX 137
H33A   2   0.436970  0.709938  0.192083 10.500000 -1.500000
H33B   2   0.418212  0.714857  0.097429 10.500000 -1.500000
H33C   2   0.384722  0.744078  0.164972 10.500000 -1.500000
AFIX 0
part 2
AFIX 137
H33D   2   0  0  0 -21.00000 -1.500000
H33E   2   0  0  0 -21.00000 -1.500000
H33F   2   0  0  0 -21.00000 -1.500000
AFIX 0
part 1
O8     4   0.434422  0.826530  0.147184 10.500000  0.199260  0.622860 =
           0.466600 -0.329290  0.219120 -0.254560
part 2
O8'    4   0.423200  0.839100  0.126600 10.500000  0.050000
AFIX 147
H8     2   0.459327  0.826485  0.123757 11.000000 -1.500000
AFIX 0
part 0

REM ************ Methanol group 2 ****************

问题依旧不能解决。也是同样的警告！盼解～～

键长数据：

C29-O7     1.505
C29-O7'    1.206
C33-O8     1.389
C33-O8'    1.557
O7-O7'      0.564
O8-O8'      0.483
引用回帖:
Originally posted by hao_jian at 2010-05-25 12:06:33:
光改占有率不行，无序原子应该放在不同的part里面，否则程序不能识别C上接了几个O，也就不知道该加几个H。

请给出C29-O7'和C33-O8的键长，看起来O7和O8‘象H
通常羟基不容易无序，因为有氢键给他定位。

[ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-25 at 12:41 ]
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There is a will,there is a way.
3楼2010-05-25 12:38:34
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wsyy163

银虫 (正式写手)
Inorg@USF(金币+1):谢谢你，的确如此。 2010-05-25 13:44:51
没有原始文件很难帮到您的
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4楼2010-05-25 12:45:26
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