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Inorg@USF

木虫 (正式写手)

[交流] 【请教】如何对付non positive difinte(NPD)和无序的溶剂分子?已有3人参与

对于NPD情况试了试simu,delu组合和ISOR (图1中的C33),没用!盼命令行详解。

diorder的状况如下 (图2中的O8,图3中的N9,C32,C30),盼命令行详解:


图1:

0.0528   0.0143  -0.0012   C33   ** NON POSITIVE DEFINITE **
Q10 = 1.29

图2:

1.5363   0.1715   0.1259   O8    may be split into  0.0486  0.6358  0.4366  and  0.0515  0.6832  0.3822
Q4  = 1.59



0.5116   0.1048   0.0379   N9    may be split into  0.1327  0.5321  0.6316  and  0.1154  0.5209  0.6511
1.5911   0.2640   0.0875   C32    may be split into  0.0899  0.5162  0.6859  and  0.1016  0.4452  0.6945
0.4069   0.1092   0.0733   C30    may be split into  0.1733  0.4797  0.6179  and  0.1592  0.5009  0.6261


多谢!

[ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-23 at 03:02 ]
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hjh509

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★
Inorg@USF(金币+1):谢谢参与
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-05-23 10:24:01
在ins文件里进行劈裂,你这个不难,属于简单的无序!
111
2楼2010-05-23 08:19:13
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hjh509

铁杆木虫 (职业作家)

Inorg@USF(金币+1):真的非常感谢,我还是自己试着来解决吧。 2010-05-24 01:39:39
可以传给我,我帮你劈裂hjh509@swu.edu.cn
111
3楼2010-05-23 17:03:24
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fangmingming

金虫 (小有名气)


Inorg@USF(金币+1):谢谢参与
2以下的Q峰可以忽略,是在想处理掉就分成两部分
4楼2010-05-23 21:39:37
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)

感谢各位兄弟的支持。

我试着自己做了下劈裂。R1值是降下来一些。由原来的 0.0619到0.0582. 问题是劈裂后的原子相互间距离很远,也加不上H。总不能所有的键长都一路DFIX过去吧? 我在想如果我保持现在的状况(不做disorder处理),对相应的disorder的原子也不做anis处理,是不是在结晶学上可以说的通呢?

PS: 那个NPD的原子,我删除了,Refine之后发现那不是一个甲醇溶剂分子,而是一个水,只是Ow热振动比较大。

谢谢!
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5楼2010-05-24 01:37:27
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