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【求助】大家帮我看看对于无序的溶剂分子如此正确处理？ 已有4人参与
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我的结构中有两个独立的甲醇CH3OH溶剂分子，它们的氧原子都是无序的，并可找到在每个O原子旁边都有个Q（1.29，1.56)残峰，分别定义为O7', O8'。 在res文件中分别做如下变动： same C29 O7 C29 O7' C29 1 0.077512 0.738196 0.389123 10.500000 0.125780 0.057390 = 0.031800 -0.005980 0.004650 -0.038370 AFIX 137 H29A 2 0.090129 0.766425 0.439870 10.500000 -1.500000 H29B 2 0.056775 0.778432 0.356668 10.500000 -1.500000 H29C 2 0.103629 0.721107 0.358019 10.500000 -1.500000 AFIX 0 O7 4 0.049875 0.659294 0.408799 10.500000 0.160580 0.687290 = 0.902020 0.618200 -0.135650 -0.143690 O7' 4 0.050500 0.678200 0.379700 10.500000 0.050000 afix 147 H33 2 0.061709 0.645789 0.460684 11.000000 -1.5 afix 0  SAME C33 O8 C33 O8' C33 1 0.417322 0.742677 0.150674 10.500000 0.147560 AFIX 137 H33A 2 0.436970 0.709938 0.192083 10.500000 -1.500000 H33B 2 0.418212 0.714857 0.097429 10.500000 -1.500000 H33C 2 0.384722 0.744078 0.164972 10.500000 -1.500000 AFIX 0 O8 4 0.434422 0.826530 0.147184 10.500000 0.199260 0.622860 = 0.466600 -0.329290 0.219120 -0.254560 O8' 4 0.423200 0.839100 0.126600 10.500000 0.050000 AFIX 147 H8 2 0.459327 0.826485 0.123757 11.000000 -1.500000 AFIX 0 我的主要意思是能让甲醇中C原子有三个氢原子，保持C原子的SP3杂化构型。可是竟然不能精修。提示C原子的链接状态不对! 请问是我的命令加的有问题吗？ 应该如何改动？ 多谢了！ [ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-25 at 12:01 ] |
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2楼2010-05-25 12:06:33
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谢谢回应！ 我之前也用part命令做了一下，如下： REM ************ Methanol group 1 **************** same C29 O7 C29 O7' C29 1 0.077512 0.738196 0.389123 10.500000 0.125780 0.057390 = 0.031800 -0.005980 0.004650 -0.038370 part1 AFIX 137 H29A 2 0.090129 0.766425 0.439870 21.00000 -1.500000 H29B 2 0.056775 0.778432 0.356668 21.00000 -1.500000 H29C 2 0.103629 0.721107 0.358019 21.00000 -1.500000 AFIX 0 part 2 AFIX 137 H29D 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 H29E 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 H29F 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 AFIX 0 part 1 O7 4 0.049875 0.659294 0.408799 10.500000 0.160580 0.687290 = 0.902020 0.618200 -0.135650 -0.143690 part 2 O7' 4 0.050500 0.678200 0.379700 10.500000 0.050000 afix 147 H33 2 0.061709 0.645789 0.460684 11.000000 -1.5 afix 0 part 0 REM ************ Methanol group 1 **************** REM ************ Methanol group 2 **************** SAME C33 O8 C33 O8' C33 1 0.417322 0.742677 0.150674 10.500000 0.147560 part 1 AFIX 137 H33A 2 0.436970 0.709938 0.192083 10.500000 -1.500000 H33B 2 0.418212 0.714857 0.097429 10.500000 -1.500000 H33C 2 0.384722 0.744078 0.164972 10.500000 -1.500000 AFIX 0 part 2 AFIX 137 H33D 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 H33E 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 H33F 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 AFIX 0 part 1 O8 4 0.434422 0.826530 0.147184 10.500000 0.199260 0.622860 = 0.466600 -0.329290 0.219120 -0.254560 part 2 O8' 4 0.423200 0.839100 0.126600 10.500000 0.050000 AFIX 147 H8 2 0.459327 0.826485 0.123757 11.000000 -1.500000 AFIX 0 part 0 REM ************ Methanol group 2 **************** 问题依旧不能解决。也是同样的警告！盼解～～ 键长数据： C29-O7 1.505 C29-O7' 1.206 C33-O8 1.389 C33-O8' 1.557 O7-O7' 0.564 O8-O8' 0.483 [ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-25 at 12:41 ] |
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您说的没错。我后来发现也没必要加SAME命令。最后我的措施是，删除C上的理论加的H原子，用PART命令，精修后如图示。 问题是，我实在是技穷于如何给C加上H，我也知道是要加两套，尝试用part 和afix命令，如下，可是无法精修。警告为：C29 NOT BONDED TO SUITABLE ATOM FOR AFIX C29 1 0.079328 0.740455 0.389474 11.000000 0.112010 0.050760 = 0.036690 0.008560 0.001170 0.022990 PART 1 AFIX 137 H29A 2 0 0 0 10.50000 -1.5 H29B 2 0 0 0 10.50000 -1.5 H29C 2 0 0 0 10.50000 -1.5 AFIX 0 PART 2 AFIX 137 H29D 2 0 0 0 10.50000 -1.5 H29E 2 0 0 0 10.50000 -1.5 H29F 2 0 0 0 10.50000 -1.5 AFIX 0 PART 1 O7' 4 0.050069 0.663745 0.386007 10.500000 0.145980 0.609370 = 0.668760 -0.579650 -0.079440 0.122330 PART 2 O7 4 0.053091 0.673034 0.426211 10.500000 0.145980 0.609370 = 0.668760 -0.579650 -0.079440 0.122330 PART 0 AFIX 147 H7A 2 0.071743 0.634038 0.444499 11.000000 -1.500000 AFIX 0 盼解！ [ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-26 at 10:41 ] |
9楼2010-05-26 10:39:50
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