| 查看: 4384 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
zhuhongaaa金虫 (正式写手)
|
[交流]
【转帖】【ZZ】使用xdrfile读取gromacs的trr和xtc文件 已有7人参与
|
||
|
xdrfile是gmx开发的一个用来读取trr文件和xtc文件的库，可以在gmx的主页上下载安装。安装不需要一共gmx的安装路径。 安装后生成一个trr2xtc可执行文件。可以简单的把trr文件转化问xtc文件来减小体积，节约空间。 更为主要的是我们可以利用xdrfile中的库自行编写程序读取gmx的trr文件和xtc文件，用于轨迹分析，相当方便。 xdrfile/include/xdrfile/目录下面有三个用C写的头文件，可以include到我们自己的C程序和C++程序中。 下面是一个读取trr文件的C程序示例： /* file name is trr.c */ #include #include #include int natoms,step,natom,read_return; float time,lambda; matrix box; rvec *x,*v,*f; XDRFILE *trr; main () { trr=xdrfile_open (“traj.trr”,”r”); read_return=read_trr_natoms (“traj.trr”,&natoms); x = calloc(natoms, sizeof(x[0])); while (1) { read_return=read_trr (trr,natoms,&step,&time,box,lambda,x,v,f); if (read_return!=0) { break; } for (natom=1;natom<=natoms;natom++) { printf (“%d %f %d %f %f %f\n”,step,time,natom,x[natom-1][0],x[natom-1][1],x[natom-1][2]); } } xdrfile_close (trr); } ~ ~ ~ 可以用gcc 直接编译运行。编译的时候注意添加头文件的路径。 下面是用C++写的读取xtc文件的一个示例： /* file name is xtc.cpp */ #include extern “C” { #include } using namespace std; int main (int argc,char * argv[]) { char * filename; int natoms,step; filename=”traj.xtc”; float time; float p; matrix box; rvec *x; XDRFILE *xtc; xtc=xdrfile_open(filename,”r”); int read_return=read_xtc_natoms(filename,&natoms); x=(rvec * )calloc(natoms,sizeof(x[0])); while(1) { read_return=read_xtc(xtc,natoms,&step,&time,box,x,&p); if(read_return!=0) { break; } for(int natom=0;natom cout< } xdrfile_close(xtc); return 0; } ~ 可以用g++ 直接编译运行。编译的时候注意添加头文件的路径。 http://zhuhong.freetzi.com/wordpress/?p=57 有问题欢迎留言或mail。 转载请注明。 |
回复此楼» 猜你喜欢
一志愿天大材料与化工（085600）总分338
已经有4人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有3人回复
-
求材料调剂
已经有8人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有5人回复
-
一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂
已经有4人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有6人回复
-
085410人工智能专硕317求调剂（0854都可以）
已经有3人回复
-
330求调剂
已经有3人回复
-
一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂
已经有5人回复
-
304求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教一下，如何确定具体分子式，最好有详细步骤，还有生成CIF文件的问题
已经有7人回复
- ppt动画（求职自我介绍、新的征途、华科）+其他ppt部分教程+ppt演示、使用操作大全
已经有100人回复
- 如何用MS的纳米管坐标转到gromacs可识别的文件
已经有7人回复
- Guidelines for Design of Wind Turbines(Low Resolution) 单个文件
已经有11人回复
- latex模板里的文件是什么意思，怎么用？
已经有5人回复
- 关于matlab中循环读取多个excel文件的问题？
已经有3人回复
- linux下面使用castep跑出来结果文件中没有xsd文件
已经有10人回复
- gromacs模拟
已经有4人回复
- GROMACS 小分子top文件
已经有9人回复
- gromacs模拟离子液体，建立gro文件
已经有5人回复
- GROMACS ： 把两个*.gro文件合并
已经有4人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件
已经有8人回复
- 【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题
已经有10人回复
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
5楼2020-01-02 17:25:31
2楼2018-09-26 15:44:33
3楼2019-12-01 20:20:47
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
4楼2019-12-31 16:21:25
