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zhuhongaaa金虫 (正式写手)
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【转帖】【ZZ】使用xdrfile读取gromacs的trr和xtc文件 已有7人参与
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xdrfile是gmx开发的一个用来读取trr文件和xtc文件的库，可以在gmx的主页上下载安装。安装不需要一共gmx的安装路径。 安装后生成一个trr2xtc可执行文件。可以简单的把trr文件转化问xtc文件来减小体积，节约空间。 更为主要的是我们可以利用xdrfile中的库自行编写程序读取gmx的trr文件和xtc文件，用于轨迹分析，相当方便。 xdrfile/include/xdrfile/目录下面有三个用C写的头文件，可以include到我们自己的C程序和C++程序中。 下面是一个读取trr文件的C程序示例： /* file name is trr.c */ #include #include #include int natoms,step,natom,read_return; float time,lambda; matrix box; rvec *x,*v,*f; XDRFILE *trr; main () { trr=xdrfile_open (“traj.trr”,”r”); read_return=read_trr_natoms (“traj.trr”,&natoms); x = calloc(natoms, sizeof(x[0])); while (1) { read_return=read_trr (trr,natoms,&step,&time,box,lambda,x,v,f); if (read_return!=0) { break; } for (natom=1;natom<=natoms;natom++) { printf (“%d %f %d %f %f %f\n”,step,time,natom,x[natom-1][0],x[natom-1][1],x[natom-1][2]); } } xdrfile_close (trr); } ~ ~ ~ 可以用gcc 直接编译运行。编译的时候注意添加头文件的路径。 下面是用C++写的读取xtc文件的一个示例： /* file name is xtc.cpp */ #include extern “C” { #include } using namespace std; int main (int argc,char * argv[]) { char * filename; int natoms,step; filename=”traj.xtc”; float time; float p; matrix box; rvec *x; XDRFILE *xtc; xtc=xdrfile_open(filename,”r”); int read_return=read_xtc_natoms(filename,&natoms); x=(rvec * )calloc(natoms,sizeof(x[0])); while(1) { read_return=read_xtc(xtc,natoms,&step,&time,box,x,&p); if(read_return!=0) { break; } for(int natom=0;natom cout< } xdrfile_close(xtc); return 0; } ~ 可以用g++ 直接编译运行。编译的时候注意添加头文件的路径。 http://zhuhong.freetzi.com/wordpress/?p=57 有问题欢迎留言或mail。 转载请注明。 |
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8楼2022-10-25 01:26:52