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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】ITS测序
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xclj369ouc

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】ITS测序 已有13人参与

请教大家谁有测过ITS序列？
是直接PCR产物测序的，还是克隆测序的啊？
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1楼 2010-05-09 12:11:09
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
★ ★
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reasonspare(金币+1):谢谢分享。 2010-06-23 06:04:53
首先转录酶有很多种，虽然准确度很高，但是扩增产物多，即使是一亿分之一的出错率，也会有极少数碱基出错。
连接到载体上之后转化宿主，在宿主体内扩增的过程中，由一个拷贝增加到亿个拷贝，宿主的扩增系统会产生极少数碱基出错。
宿主邮寄到测序公司后进行扩增提取质粒，质粒又进行多次扩增，也可能出错。当然也可以用菌体PCR，不过难度明显比用质粒为模板高。

这下应该明白我为什么用PCR产物来测序了吧？
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
10楼2010-05-09 21:50:11
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
★ ★ ★
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amisking(金币+2):招版主！ 2010-05-09 13:34:26
我PCR产物不纯化就送去测序，测过超过20条序列。不过最好不要有干扰测序公司纯化的杂带，量也要达到他们的要求。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
2楼2010-05-09 13:17:17
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nklyw

木虫 (正式写手)
两者都行吧  不过送测之前要纯化的
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3楼2010-05-09 13:23:57
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long5lizi

新虫 (初入文坛)
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1949stone(金币+2):谢谢交流 2010-05-09 17:33:28
我们一般是PCR以后再去测序的。
    无论是哪种方法得到的序列，在自动测序仪上都具有测序引物与模板的识别、结合过程，使得靠近引物端的碱基测序信号弱，不易读出。对于克隆测序，读不出的是部分载体序列，而直接测序读不出的是ITS片段的部分序列，所以前者所得序列的更符合ITS全长。
    但直接测序要快速方便，而克隆测序费时费力
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4楼2010-05-09 14:41:41
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