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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【讨论】初始构象对优化结果的影响
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kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫

[交流] 【讨论】初始构象对优化结果的影响 已有5人参与

想问一下同一个分子的不同构象优化后的结果是不是不一样？我对一个分子进行scan后从PES上找到了几个最低点，现在想知道对这几个最低点优化后会是同一个结果还是会不同呢，请前辈们指教
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1楼 2010-04-21 21:08:33
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fooo

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
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zhou2009(金币+2): 2010-04-22 08:16
这个问题不好回答。对于类似于氨基酸的时候、生物分子而言，往往存在多个构象，所以从PES上的几个最低点优化，最后未必优化到同一点。但对于小的无机分子，优化到同一点的可能性相对会大一点。
引用回帖:
Originally posted by kekexiliwolf at 2010-04-21 21:08:33:
想问一下同一个分子的不同构象优化后的结果是不是不一样？我对一个分子进行scan后从PES上找到了几个最低点，现在想知道对这几个最低点优化后会是同一个结果还是会不同呢，请前辈们指教

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2楼2010-04-22 02:08:49
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hzfish

金虫 (正式写手)
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zhou2009(金币+1): 2010-04-22 08:57
引用回帖:
Originally posted by kekexiliwolf at 2010-04-21 21:08:33:
想问一下同一个分子的不同构象优化后的结果是不是不一样？我对一个分子进行scan后从PES上找到了几个最低点，现在想知道对这几个最低点优化后会是同一个结果还是会不同呢，请前辈们指教

用你能想到初始构象作为初始结构优化下就知道啦。

我见到过有人计算氨基酸的构象好象是一万多种，记不太清楚。实际找到了几百种。大分子打构象不是很找啊。
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3楼2010-04-22 08:19:24
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kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫
引用回帖:
Originally posted by fooo at 2010-04-22 02:08:49:
这个问题不好回答。对于类似于氨基酸的时候、生物分子而言，往往存在多个构象，所以从PES上的几个最低点优化，最后未必优化到同一点。但对于小的无机分子，优化到同一点的可能性相对会大一点。


谢谢指教，那我试试吧，我的是一个20个C左右的有机分子
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4楼2010-04-22 08:45:54
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fooo

金虫 (正式写手)
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aylayl08(金币+2):谢谢讨论 2010-04-22 20:58
这样的分子体系，可能的构象已经非常非常多了，单纯用scan部分键长或键角恐怕难以找到所有的构象。最好先用分子力学、分子动力学等方法进行构象搜索，然后再用量子化学方法去计算。
引用回帖:
Originally posted by kekexiliwolf at 2010-04-22 08:45:54:

谢谢指教，那我试试吧，我的是一个20个C左右的有机分子

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5楼2010-04-22 11:00:15
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
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aylayl08(金币+2):谢谢讨论 2010-04-22 20:58
如果你的分子含有环，择优化不会很费事；若不含环，那你的SCAN 本身可能就有问题，因为那么多的可能性一般难以SCAN清楚的，优化的构象会很多的。在这种情况下要学会抓主要矛盾，搞几个主要的进行优化，否则，就只有耗时间和耐性了。
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愿好运与快乐伴随你！
6楼2010-04-22 11:56:39
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auybv

金虫 (小有名气)
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aylayl08(金币+2):谢谢讨论 2010-04-22 20:59
小分子也可能会有很多的稳定构象，我曾经做过一个25个原子的小分子，当时对其五个初始构象进行了优化，结果得到了五个不同的结果。我也觉得选几个尝试一下就可以了。
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7楼2010-04-22 13:41:51
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kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫
在此谢过5楼和6楼的前辈的指点
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8楼2010-04-23 08:38:30
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kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫
引用回帖:
Originally posted by fooo at 2010-04-22 11:00:15:
这样的分子体系，可能的构象已经非常非常多了，单纯用scan部分键长或键角恐怕难以找到所有的构象。最好先用分子力学、分子动力学等方法进行构象搜索，然后再用量子化学方法去计算。


请问前辈有什么分子动力学方法进行构象搜索的软件吗？推荐一下
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我们在为了文章而搞科研
9楼2010-04-25 17:21:24
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