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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

[求助] 请教中间体寻找优化问题

我将O29-H53键固定大约0.98埃，然后优化寻找中间体，但是优化完发现虚频达到-200多，调O29-H52键的方向使其更朝向羧基氧阴离子，这时虚频达-140多，我在此基础上用了3种消虚频的方法：1，加关键词iop(2/15=3) nosymm,2，顺着震动的方向转动O-H键3，优化坐标加虚频坐标乘以0.5,0.7,0.9。但是还是消不掉。我要是不固定，H52会被羧基O夺去，所以固定。再可是调节O29-H53朝向只能是偏离羧基氧了。
请教高手指点。
log文件http://3721up.com/user/controlpanel/recylefromoutdoor.aspx



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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
1楼 2011-09-27 19:44:28
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一起来化学

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
游子8921(金币+5): 请指教 2011-09-29 10:56:57
gmy1990(金币+2): 2011-09-29 16:07:27
你把过渡态中的ts去掉，然后优化，这样应该就没有虚频了。。。。我也遇到这个问题，我也只做出一个，另一个还在尝试中。。。。
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大家多多交流
2楼2011-09-29 09:55:16
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
2楼: Originally posted by 一起来化学 at 2011-09-29 09:55:16:
你把过渡态中的ts去掉，然后优化，这样应该就没有虚频了。。。。我也遇到这个问题，我也只做出一个，另一个还在尝试中。。。。

我找的是中间体，没找过渡态，没有加ts啊，请查看我的log文件，请指教，谢谢啦
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
3楼2011-09-29 10:56:19
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人

【答案】应助回帖

游子8921(金币+5): 谢谢，再请指教 2011-09-29 16:22:41
“我要是不固定，H52会被羧基O夺去”
没看输出文件，只是问一下固定优化的结果得到的构型有啥意义吗？
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惺惺相惜情不自禁
4楼2011-09-29 13:51:03
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
4楼: Originally posted by manson1998 at 2011-09-29 13:51:03:
“我要是不固定，H52会被羧基O夺去”
没看输出文件，只是问一下固定优化的结果得到的构型有啥意义吗？

我在算机理，第一步就是羧基氧负离子夺取质子H，但是优化寻找初始结构后得到的构象是质子已被羧基夺取，那么这样的话我就找不到前一中间体了。第三步是醌式结构又夺取羧基上的H，可是这一步中间体也找不到，优化完的构象还是H跑到羧基上。请指教，难道第一步是找不到的，很容易进行的？请指教，谢谢啦，这个体系已做了半年多，还没弄出来。郁闷
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
5楼2011-09-29 16:22:13
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)
6楼2011-09-30 22:26:45
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voleyes

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
游子8921(金币+10): 再请教 2011-10-04 20:40:09
小红豆(金币+1): 谢谢交流 2011-10-06 18:38:32
先把过渡态算出来吧，在再过渡态基础上算反应物
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7楼2011-10-01 22:52:39
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-10-02 20:27:35
游子8921(金币+5): 2011-10-04 20:47:31
确认你所认为机理的正确性，查文献吧
或者把你的反应物和产物用qst2看看能不能找到过渡态
如果有的话用irc走走看
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惺惺相惜情不自禁
8楼2011-10-02 20:19:26
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
7楼: Originally posted by voleyes at 2011-10-01 22:52:39:
先把过渡态算出来吧，在再过渡态基础上算反应物

请教前一个中间体找不到，过渡态该如何找？难道要猜测反应的位置然后试着找过渡态？后一个中间体找到了。还有一步是前一中间体找到了，过渡态也找到，但是后一中间体找不到，因为羟基上的氢，很容易被羧基负离子夺走，不稳定。谢谢，能提供一些具体事例资料吗？谢谢
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
9楼2011-10-04 20:39:40
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
8楼: Originally posted by manson1998 at 2011-10-02 20:19:26:
确认你所认为机理的正确性，查文献吧
或者把你的反应物和产物用qst2看看能不能找到过渡态
如果有的话用irc走走看

实验文献的机理有点问题，我也想过其他的可能性，但是第一步去质子化应该没问题。就是反应物找不到，只能找到后一中间体。从PDB提取优化完得不到反应物构象，得到的是后一中间体：酚羟基上的氢已被羧基负离子夺取，理应是找到酚羟基的前一中间体，酚羟基上的氢转移到羧基负离子上。请教啊
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
10楼2011-10-04 20:47:17
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