应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请教中间体寻找优化问题
51/1返回列表
查看: 2122  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

[求助] 请教中间体寻找优化问题

我将O29-H53键固定大约0.98埃，然后优化寻找中间体，但是优化完发现虚频达到-200多，调O29-H52键的方向使其更朝向羧基氧阴离子，这时虚频达-140多，我在此基础上用了3种消虚频的方法：1，加关键词iop(2/15=3) nosymm,2，顺着震动的方向转动O-H键3，优化坐标加虚频坐标乘以0.5,0.7,0.9。但是还是消不掉。我要是不固定，H52会被羧基O夺去，所以固定。再可是调节O29-H53朝向只能是偏离羧基氧了。
请教高手指点。
log文件http://3721up.com/user/controlpanel/recylefromoutdoor.aspx



[ 来自科研家族 木虫量化 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

虚频

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
1楼 2011-09-27 19:44:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
8楼: Originally posted by manson1998 at 2011-10-02 20:19:26:
确认你所认为机理的正确性，查文献吧
或者把你的反应物和产物用qst2看看能不能找到过渡态
如果有的话用irc走走看

实验文献的机理有点问题，我也想过其他的可能性，但是第一步去质子化应该没问题。就是反应物找不到，只能找到后一中间体。从PDB提取优化完得不到反应物构象，得到的是后一中间体：酚羟基上的氢已被羧基负离子夺取，理应是找到酚羟基的前一中间体，酚羟基上的氢转移到羧基负离子上。请教啊
赞一下 回复此楼
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
10楼2011-10-04 20:47:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

一起来化学

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
游子8921(金币+5): 请指教 2011-09-29 10:56:57
gmy1990(金币+2): 2011-09-29 16:07:27
你把过渡态中的ts去掉，然后优化，这样应该就没有虚频了。。。。我也遇到这个问题，我也只做出一个，另一个还在尝试中。。。。
赞一下(1人) 回复此楼
大家多多交流
2楼2011-09-29 09:55:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
2楼: Originally posted by 一起来化学 at 2011-09-29 09:55:16:
你把过渡态中的ts去掉，然后优化，这样应该就没有虚频了。。。。我也遇到这个问题，我也只做出一个，另一个还在尝试中。。。。

我找的是中间体，没找过渡态，没有加ts啊，请查看我的log文件，请指教，谢谢啦
赞一下 回复此楼
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
3楼2011-09-29 10:56:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人

【答案】应助回帖

游子8921(金币+5): 谢谢，再请指教 2011-09-29 16:22:41
“我要是不固定，H52会被羧基O夺去”
没看输出文件，只是问一下固定优化的结果得到的构型有啥意义吗？
赞一下 回复此楼
惺惺相惜情不自禁
4楼2011-09-29 13:51:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 oeyPlfmMUpOC 2026-09-26 3/150 2026-09-27 09:13 by 4IW0sJvtEqX8
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:44 by XgCC8uTcwILl
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:42 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:39 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:32 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:08 by XgCC8uTcwILl
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:05 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:56 by XgCC8uTcwILl
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 05:56 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 5/250 2026-09-27 05:53 by XgCC8uTcwILl
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 5/250 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 6/300 2026-09-27 05:42 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 PGTSwSC3F6nQ 2026-09-24 5/250 2026-09-25 11:19 by yhq9807
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 PGTSwSC3F6nQ 2026-09-24 7/350 2026-09-25 11:18 by yhq9807
[硕博家园] 上海工程技术大学 激光智能制造课题组 2027级博士研究生招生 +4 oxidpl 2026-09-20 6/300 2026-09-24 20:40 by oxidpl
[教师之家] 课题组招2027级博士 上海工程技术大学 激光智能制造方向 +4 oxidpl 2026-09-20 6/300 2026-09-24 20:37 by oxidpl
[基金申请] 师弟论文见刊大半年才想起来申请专利，还能抢救一下吗？ +4 13108017953 2026-09-21 4/200 2026-09-24 10:06 by kudofaye
[有机交流] 有机合成以后会不会被AI改变？做科研的虫友怎么看 +5 zapen 2026-09-20 8/400 2026-09-23 17:21 by tianxiaoxian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭