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ysg155

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】关于gromacs并行计算的效率问题 已有2人参与

大家好,我最近在ubuntu9.10上编译的并行gromacs4.07在进行并行运算是出现了问题。我通过top发现每个mdrun进程的资源占用律很低,只有50%左右,而python2.6进程则占了将近一半的CPU资源。而使用同样的方法在redhat AS4 时则没有这样的问题,大家能告诉我这是怎么一回事么?谢谢!
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molech

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-20 16:23
gromacs应该不会调用python,你试试终止python进程。
引用回帖:
Originally posted by ysg155 at 2010-04-16 11:02:25:
大家好,我最近在ubuntu9.10上编译的并行gromacs4.07在进行并行运算是出现了问题。我通过top发现每个mdrun进程的资源占用律很低,只有50%左右,而python2.6进程则占了将近一半的CPU资源。而使用同样的方法在redha ...

2楼2010-04-20 16:15:24
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ysg155

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by molech at 2010-04-20 16:15:24:
gromacs应该不会调用python,你试试终止python进程。


你好,我终止了python。然后mdrun也挂了,迷茫中!
3楼2010-04-22 18:27:43
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