24小时热门版块排行榜

返回列表

ysg155

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 237.6
帖子: 27
在线: 19.4小时
虫号: 455122
注册: 2007-11-10

[交流] 【求助】关于gromacs并行计算的效率问题已有2人参与

大家好，我最近在ubuntu9.10上编译的并行gromacs4.07在进行并行运算是出现了问题。我通过top发现每个mdrun进程的资源占用律很低,只有50％左右，而python2.6进程则占了将近一半的CPU资源。而使用同样的方法在redhat AS4 时则没有这样的问题，大家能告诉我这是怎么一回事么？谢谢！

回复此楼

» 猜你喜欢

什么时候能放榜呀？已经有3人回复
一个有机合成实验室都需要哪些设备？已经有8人回复
UV压敏胶开发已经有5人回复
面上提前没消息，有中的吗已经有16人回复
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！已经有25人回复
2026年国自然面上资助率已经有22人回复
基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成拉横向，都有哪些途径啊已经有12人回复
微信指数没变化，科研之友没阅读已经有19人回复
准备明年的基金了已经有7人回复
2027年申博已经有3人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

gromacs模拟已经有4人回复
求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢已经有5人回复
Gromacs 中 PME 的用法已经有5人回复
【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场已经有8人回复
【求助】如何使用gromacs中的constraint 已经有8人回复
【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢已经有11人回复
【求助】gromacs的又一个问题已经有22人回复
【原创】在gromacs的gro中插入小分子已经有12人回复
【求助】gromacs出现了一个问题已经有10人回复

1楼 2010-04-16 11:02:25

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

molech

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 0.3
帖子: 21
在线: 37.9小时
虫号: 289784
注册: 2006-10-26
性别: GG
专业: 应用高分子化学与物理

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-20 16:23

gromacs应该不会调用python，你试试终止python进程。

引用回帖:

Originally posted by ysg155 at 2010-04-16 11:02:25:
大家好，我最近在ubuntu9.10上编译的并行gromacs4.07在进行并行运算是出现了问题。我通过top发现每个mdrun进程的资源占用律很低,只有50％左右，而python2.6进程则占了将近一半的CPU资源。而使用同样的方法在redha ...