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ysg155

新虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助】关于gromacs并行计算的效率问题已有2人参与

大家好，我最近在ubuntu9.10上编译的并行gromacs4.07在进行并行运算是出现了问题。我通过top发现每个mdrun进程的资源占用律很低,只有50％左右，而python2.6进程则占了将近一半的CPU资源。而使用同样的方法在redhat AS4 时则没有这样的问题，大家能告诉我这是怎么一回事么？谢谢！

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【求助】gromacs出现了一个问题已经有10人回复

1楼 2010-04-16 11:02:25

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

molech

铁虫 (初入文坛)

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专业: 应用高分子化学与物理

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-20 16:23

gromacs应该不会调用python，你试试终止python进程。

引用回帖:

Originally posted by ysg155 at 2010-04-16 11:02:25:
大家好，我最近在ubuntu9.10上编译的并行gromacs4.07在进行并行运算是出现了问题。我通过top发现每个mdrun进程的资源占用律很低,只有50％左右，而python2.6进程则占了将近一半的CPU资源。而使用同样的方法在redha ...