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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于gromacs并行计算的效率问题
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ysg155

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】关于gromacs并行计算的效率问题 已有2人参与

大家好，我最近在ubuntu9.10上编译的并行gromacs4.07在进行并行运算是出现了问题。我通过top发现每个mdrun进程的资源占用律很低,只有50％左右，而python2.6进程则占了将近一半的CPU资源。而使用同样的方法在redhat AS4 时则没有这样的问题，大家能告诉我这是怎么一回事么？谢谢！
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1楼 2010-04-16 11:02:25
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molech

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-20 16:23
gromacs应该不会调用python，你试试终止python进程。
引用回帖:
Originally posted by ysg155 at 2010-04-16 11:02:25:
大家好，我最近在ubuntu9.10上编译的并行gromacs4.07在进行并行运算是出现了问题。我通过top发现每个mdrun进程的资源占用律很低,只有50％左右，而python2.6进程则占了将近一半的CPU资源。而使用同样的方法在redha ...

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2楼2010-04-20 16:15:24
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ysg155

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by molech at 2010-04-20 16:15:24:
gromacs应该不会调用python，你试试终止python进程。


你好，我终止了python。然后mdrun也挂了，迷茫中！
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3楼2010-04-22 18:27:43
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