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lssnoopy148881

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教建库的过程 已有8人参与

各位大虾,我是刚开始做COMFA 的小虫,我想问一下那里有做COMFA化合物建库的教程啊?有的话,可以上传一下吗?非常感谢!!
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-12 18:20
lssnoopy148881(金币+1):大侠,能否在线教我建一下数据库啊?没搞懂。非常感谢! 2010-04-13 09:35
你指的建库是什么意思啊?就是把所有分子的mol2格式的文件放到一个文件夹里,然后文件夹后缀名加上.mdb吗
手册里有吧
2楼2010-04-12 17:18:25
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lssnoopy148881

铜虫 (小有名气)

不是,我我现在已经把化合物的结构一个个的画好了,并优化了,存储的格式是mol2的,但是怎么转入一个数据库里面。是database--new----edit/read---把所有的化合物都画在上面,然后put molecule吗?还是一个一个的read,然后存储??
刚接触,请大侠帮帮忙,现在就是这里卡住了
3楼2010-04-13 09:30:32
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xdgz4

引用回帖:
Originally posted by lssnoopy148881 at 2010-04-13 09:30:32:
不是,我我现在已经把化合物的结构一个个的画好了,并优化了,存储的格式是mol2的,但是怎么转入一个数据库里面。是database--new----edit/read---把所有的化合物都画在上面,然后put molecule吗?还是一个一个的 ...

能否问下你是在ds里画的分子结构吗?在哪里画的啊,我在ds里找不到啊.linux系通,无chendraw啊 .
4楼2010-04-13 11:06:55
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-13 12:02
引用回帖:
Originally posted by lssnoopy148881 at 2010-04-13 09:30:32:
不是,我我现在已经把化合物的结构一个个的画好了,并优化了,存储的格式是mol2的,但是怎么转入一个数据库里面。是database--new----edit/read---把所有的化合物都画在上面,然后put molecule吗?还是一个一个的 ...

没那么复杂,直接把你要建的库里的分子放到一个???.mdb的文件夹中,库就建好了
5楼2010-04-13 11:52:33
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-14 09:53
你可以用二维文件sdf,然后用Concord可以自动转化成一个三维mol2文件。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
6楼2010-04-13 22:57:50
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Tavel

铜虫 (小有名气)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-19 16:53
lssnoopy148881(金币+5): 2010-04-21 14:51
引用回帖:
Originally posted by xdgz4 at 2010-04-13 11:06:55:

能否问下你是在ds里画的分子结构吗?在哪里画的啊,我在ds里找不到啊.linux系通,无chendraw啊 .

SYBYL
7楼2010-04-19 15:58:04
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tzkcarlos

银虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-20 22:35
我网盘里有一个,http://www.adrive.com/public/0ee ... 4c4be27fba4682.html
视频教程,希望对你有用
8楼2010-04-20 21:50:11
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wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-21 10:09
建好库,打开每个结构,然后put molecules,会出现一个对话框,全选就行。或者打开一个,put molecule 一个。
从小到大就没清闲过,要不就是穷,穷的活着没意思,要不就是累,累得活着没意思,现在是又穷又累了
9楼2010-04-20 23:57:11
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CADD

银虫 (正式写手)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-05 11:49:48
file-database-open,选刚建好的数据库,再出现的对话框中选update,这样数据库就可以用了。将那些mol2格式的小分子压缩到一个文件里,打开这个文件时选择molecule  areas。这些小分子就在sybyl的界面里出现了。然后file-database-put molecule,在出现的对话框中选all,这样就可以了。
10楼2010-05-05 11:44:58
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