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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请教建库的过程
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lssnoopy148881

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教建库的过程 已有8人参与

各位大虾，我是刚开始做COMFA 的小虫，我想问一下那里有做COMFA化合物建库的教程啊？有的话，可以上传一下吗？非常感谢！！
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1楼 2010-04-12 17:13:29
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-12 18:20
lssnoopy148881(金币+1):大侠，能否在线教我建一下数据库啊？没搞懂。非常感谢！ 2010-04-13 09:35
你指的建库是什么意思啊？就是把所有分子的mol2格式的文件放到一个文件夹里，然后文件夹后缀名加上.mdb吗
手册里有吧
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2楼2010-04-12 17:18:25
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lssnoopy148881

铜虫 (小有名气)
不是，我我现在已经把化合物的结构一个个的画好了，并优化了，存储的格式是mol2的，但是怎么转入一个数据库里面。是database--new----edit/read---把所有的化合物都画在上面，然后put molecule吗？还是一个一个的read，然后存储？？
刚接触，请大侠帮帮忙，现在就是这里卡住了
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3楼2010-04-13 09:30:32
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xdgz4

引用回帖:
Originally posted by lssnoopy148881 at 2010-04-13 09:30:32:
不是，我我现在已经把化合物的结构一个个的画好了，并优化了，存储的格式是mol2的，但是怎么转入一个数据库里面。是database--new----edit/read---把所有的化合物都画在上面，然后put molecule吗？还是一个一个的 ...

能否问下你是在ds里画的分子结构吗?在哪里画的啊,我在ds里找不到啊.linux系通,无chendraw啊 .
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4楼2010-04-13 11:06:55
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-13 12:02
引用回帖:
Originally posted by lssnoopy148881 at 2010-04-13 09:30:32:
不是，我我现在已经把化合物的结构一个个的画好了，并优化了，存储的格式是mol2的，但是怎么转入一个数据库里面。是database--new----edit/read---把所有的化合物都画在上面，然后put molecule吗？还是一个一个的 ...

没那么复杂，直接把你要建的库里的分子放到一个???.mdb的文件夹中，库就建好了
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5楼2010-04-13 11:52:33
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-14 09:53
你可以用二维文件sdf，然后用Concord可以自动转化成一个三维mol2文件。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
6楼2010-04-13 22:57:50
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Tavel

铜虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-19 16:53
lssnoopy148881(金币+5): 2010-04-21 14:51
引用回帖:
Originally posted by xdgz4 at 2010-04-13 11:06:55:

能否问下你是在ds里画的分子结构吗?在哪里画的啊,我在ds里找不到啊.linux系通,无chendraw啊 .

SYBYL
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7楼2010-04-19 15:58:04
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tzkcarlos

银虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-20 22:35
我网盘里有一个，http://www.adrive.com/public/0ee ... 4c4be27fba4682.html
视频教程，希望对你有用
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8楼2010-04-20 21:50:11
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wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-21 10:09
建好库，打开每个结构，然后put molecules，会出现一个对话框，全选就行。或者打开一个，put molecule 一个。
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从小到大就没清闲过，要不就是穷，穷的活着没意思，要不就是累，累得活着没意思，现在是又穷又累了
9楼2010-04-20 23:57:11
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CADD

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-05 11:49:48
file-database-open，选刚建好的数据库，再出现的对话框中选update，这样数据库就可以用了。将那些mol2格式的小分子压缩到一个文件里，打开这个文件时选择molecule  areas。这些小分子就在sybyl的界面里出现了。然后file-database-put molecule，在出现的对话框中选all，这样就可以了。
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10楼2010-05-05 11:44:58
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