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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】NAMD安装问题
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一步一步

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】NAMD安装问题已有11人参与

在NAMD官方网站下载的NAMD安装程序，解压缩后双击执行文件出现对话框说namd.exe遇到问题需要关闭。在DOS对话框中出现这样的提示：

我想知道这个那个Fatal Error是什么导致的？？
我还下了个Source Code不知道那个是干什么用的。
希望高手帮忙解决一下，非常感谢！！
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1楼2010-04-10 20:53:01
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-11 13:04
一步一步(金币+6): 2010-04-12 08:32
那个链接不算太好,参考这个
http://www.mdbbs.org/thread-22766-1-1.html
http://www.mdbbs.org/thread-22825-1-1.html
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4楼2010-04-11 11:52:03
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zyy816

至尊木虫 (著名写手)
★
一步一步(金币+3): 2010-04-12 08:32
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-12 08:33
把config文件，就是体系的参数文件放上去，可能就OK了，比如：
namd2 1.conf
如果没有后面文件，绝对会出上面的错误。
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5楼2010-04-12 08:27:25
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-12 10:03
一步一步(金币+8): 2010-04-12 16:27
conf 文件是具体计算的任务文件,我在上面的三个帖子中给出过一个例子
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7楼2010-04-12 08:47:42
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一步一步

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-03 18:02:31
引用回帖:
Originally posted by baoer3808 at 2010-06-02 11:23:58:
我也遇到了同样的问题，现在是运行namd2 ubq_ws_eq.conf后可以读取模拟参数
可到后来说是不能打开chamm parameter file../common/par_all27_prot_lipid.inp
是charm++ fatal error 的问题，这个怎么解决啊？

你到你的那个common的文件夹下检查一下你的那个力场参数文件有没有，或者命名是不是错误的，另外就是仔细检查一下输入的命令对不对，我总觉得很可能是最后那种情况。我之前是那样的。。。

[ Last edited by 一步一步 on 2010-6-4 at 08:40 ]
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10楼2010-06-03 17:54:02
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普通回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-11 11:06
一步一步(金币+3): 2010-04-11 11:16
参考 http://www.mdbbs.org/thread-19049-1-1.html
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2楼2010-04-10 21:17:34
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-10 21:17:34:
参考 http://www.mdbbs.org/thread-19049-1-1.html

没有解决啊
不过还是谢谢！！
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3楼2010-04-11 11:16:24
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyy816 at 2010-04-12 08:27:25:
把config文件，就是体系的参数文件放上去，可能就OK了，比如：
namd2 1.conf
如果没有后面文件，绝对会出上面的错误。

这个config文件在哪里啊？？大家都说要找到这种**conf文件，但是我解压缩后没看到这个文件啊？？对了，在我下载的那个Source Code中有个config文件，是不是它啊？？刚接触这种Dos下运行的软件，所以一头雾水啊！！

[ Last edited by 一步一步 on 2010-4-12 at 08:36 ]
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6楼2010-04-12 08:31:45
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-12 08:47:42:
conf 文件是具体计算的任务文件,我在上面的三个帖子中给出过一个例子

老是得到bay_gulf的帮助，作为菜鸟的我真丢人啊！！
那个例子已经下载了，可以在NAMD中运行da.conf文件。
那就说明是能用的。
刚接触这种在Dos下运行的软件，所以很多问题不懂。
继续努力！！
再次谢谢你的帮助，非常的感激！
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8楼2010-04-12 16:27:03
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baoer3808

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也遇到了同样的问题，现在是运行namd2 ubq_ws_eq.conf后可以读取模拟参数
可到后来说是不能打开chamm parameter file../common/par_all27_prot_lipid.inp
是charm++ fatal error 的问题，这个怎么解决啊？
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9楼2010-06-02 11:23:58
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