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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于Autodock的问题
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rainbow001

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于Autodock的问题 已有9人参与

我在用Autodock做hsg1这个例子的时候ARG8做成了这个样子

请问那位大侠能给看看，这明显是ARG8氨基酸不全，这会影响到对接吗？还有就是这是什么原因造成的？
当做到Autogrid的时候结果是这样的

请问那位好心人给指点指点？
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加油加油
1楼 2010-03-31 09:59:13
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rainbow001

木虫 (小有名气)
2楼2010-04-02 10:03:52
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yitianle

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-06 19:35
Autodock 就是爱出问题,不是这个问题就是那个问题,我的也是出现过这样的问题,解决不了,再也不用了.现在在用MVD,建议用MVD,要好用多了.可以申请试用版的

[ Last edited by yitianle on 2010-4-6 at 19:36 ]
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3楼2010-04-06 19:34:35
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xiaodongying

金虫 (著名写手)
★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
autodock，真是不懂啊
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4楼2010-04-13 22:06:10
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
群主，解决问题了吗
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5楼2010-05-14 17:18:44
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-15 14:59:29
这个不是不全吧，只是没有显示而已
出错提示是说没有找到大分子的pdbqt文件，目标文件夹下没有那个文件
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6楼2010-05-15 12:01:07
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sqfn

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-18 07:40:17
autodock默认路径问题，路径不能有中文，而且要将这些对接文件放在默认路径下
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7楼2010-05-18 00:03:56
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tlixia

金虫 (初入文坛)

一点体会

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我感觉楼主是高手，我也遇到过相识的问题，现在解决了。可是还有个问题想请教一下，点docking下的 macromolecule 中的set rigid filename，我为什么打不开这个大分子呢？而我用flexible Residues中的input中的Open macromolecule能够打开大分子。不知道什么原因？请各位大侠指正 非常感谢
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8楼2010-07-14 16:40:06
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rainbow001

木虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-15 10:28:45
rigid是刚性文件，flexible 是柔性文件，不一样，打开之前要确定好了格式
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加油加油
9楼2010-07-15 08:41:47
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tlixia

金虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
谢谢楼主提醒
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10楼2010-07-19 09:10:15
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