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hyw0794木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助/交流】我用用ITS引物做出测序结果，如何在NCBI上确定其生物学地位和种属？
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我用用ITS引物做出测序结果，如何鉴定和构建进化树？如何在NCBI上确定其生物学地位？我是做了双向测序，是不是需要正反向拼接了才能blast比对呀？还是单链就可以？哪种处理准确性好呢？ ITS引物做出测序结果一条是517bp, 另一条534bp，拼接后476bp.请问ITS引物测序的有效碱基数最少是多少？如何知道是？属？种？谢谢大家指导！ 如何获得登录号？ 本人为答谢大家帮助，回答上述问题之一，给予不少于3个金币的奖励。最高15个。 补充：因为我已经使用了NCBI并且也找到了其分类。就是有些地方不是很清楚，望后面回答问题的大侠给予一定分析。谢谢！ 1.拼接后476bp是否有效？如何获得登录号？ 2.如何给该菌株命名？ [ Last edited by amisking on 2010-3-9 at 21:15 ] |
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2楼2010-03-09 20:28:25
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3楼2010-03-09 20:52:21
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4楼2010-03-09 21:02:57
hyw0794(金币+6): 2010-03-10 10:02
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几点提醒： 1.关于ITS引物做出测序结果一条是517bp, 另一条534bp，拼接后476bp. 测序注意事项： 一定要查看原始的测序报告。看看有没有套峰。如果有的话，就要克隆测序了，或者双向测序，再拼接。 关于这方面的文章可以看： A reason for overlap peaks in direct sequencing of rRNA gene ITS in Pleurotus nebrodensis。 FEMS Microbiol Lett. 2010 Feb 10. 2.关于如何知道是？属？种？ 这个需要结合其它数据，如形态、生理生化。 因为genBank中的部分数据的物种定的也不对。原因是，提交信息的人，没有搞对就提交了。而genbank没有办法审查。 可以看看关于genbank数据可信的文章，例如：Can you bank on GenBank？Trends in Ecology & Evolution, Volume 18, Issue 7, 317-319, 1 July 2003 |
5楼2010-03-10 04:05:19
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6楼2010-03-10 09:59:30
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hyw0794(金币+2): 2010-03-21 10:21
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1.如何获得登录号？你可以先看看这个 http://www.bioon.com/biology/bioinfo2/78848.shtml 在ncbi主页上按要求一步步填好，提交后他们会发一个回复给你，再等个1个月左右就可以查到你的登录序列啦。 2.你要确定ITS1 5.8S ITS2的界限。这个可以参考数据库中与你类似的种。 |
7楼2010-03-10 10:21:00
hyw0794
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8楼2010-03-10 10:59:08
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拼接？是什么意思？是不是所谓的双向测序？我是这样做的： 1.根据公司的双向测序结果进行人工比对，如果正向和反向的反补序列结果一致，就确定你的最终序列啦。(可以使用序列处理在线工具包http://www.bio-soft.net/sms/index.html) 2.到基因库查与你相近物种的ITS1 5.8S ITS2的界限。 |
9楼2010-03-23 17:00:51
