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hyw0794

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】我用用ITS引物做出测序结果,如何在NCBI上确定其生物学地位和种属?

  我用用ITS引物做出测序结果,如何鉴定和构建进化树?如何在NCBI上确定其生物学地位?我是做了双向测序,是不是需要正反向拼接了才能blast比对呀?还是单链就可以?哪种处理准确性好呢?
  ITS引物做出测序结果一条是517bp, 另一条534bp,拼接后476bp.请问ITS引物测序的有效碱基数最少是多少?如何知道是?属?种?谢谢大家指导!
       如何获得登录号?
       本人为答谢大家帮助,回答上述问题之一,给予不少于3个金币的奖励。最高15个。


补充:因为我已经使用了NCBI并且也找到了其分类。就是有些地方不是很清楚,望后面回答问题的大侠给予一定分析。谢谢!
1.拼接后476bp是否有效?如何获得登录号?
2.如何给该菌株命名?

[ Last edited by amisking on 2010-3-9 at 21:15 ]
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hyw0794

木虫 (正式写手)

我送出去测序是双向测序的,然后再拼接后有476bp.有效吗?上面提供的资料,在此谢谢了。
6楼2010-03-10 09:59:30
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diaoyuhua

金虫 (小有名气)


1949stone(金币+1): 2010-03-09 20:41
hyw0794(金币+3):他给了进入步骤,没有如何分析问题。不过还是谢谢! 2010-03-09 20:56
把序列输进去,物种选择其他,BLAST就行了
2楼2010-03-09 20:28:25
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hyw0794

木虫 (正式写手)

这个我已经在NCBI中的BLAST做了,能否再提供一些其他方面的吗?谢谢!
3楼2010-03-09 20:52:21
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hyw0794

木虫 (正式写手)

amisking:给你把补充加到一楼。 2010-03-09 21:14
补充:因为我已经使用了NCBI并且也找到了其分类。就是有些地方不是很清楚,望后面回答问题的大侠给予一定分析。谢谢!
1.拼接后476bp是否有效?如何获得登录号?
2.如何给该菌株命名?
4楼2010-03-09 21:02:57
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