| 查看: 1189 | 回复: 8 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 hyw0794 的 19 个金币 | |||
hyw0794木虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助/交流】我用用ITS引物做出测序结果，如何在NCBI上确定其生物学地位和种属？
|
||
|
我用用ITS引物做出测序结果，如何鉴定和构建进化树？如何在NCBI上确定其生物学地位？我是做了双向测序，是不是需要正反向拼接了才能blast比对呀？还是单链就可以？哪种处理准确性好呢？ ITS引物做出测序结果一条是517bp, 另一条534bp，拼接后476bp.请问ITS引物测序的有效碱基数最少是多少？如何知道是？属？种？谢谢大家指导！ 如何获得登录号？ 本人为答谢大家帮助，回答上述问题之一，给予不少于3个金币的奖励。最高15个。 补充：因为我已经使用了NCBI并且也找到了其分类。就是有些地方不是很清楚，望后面回答问题的大侠给予一定分析。谢谢！ 1.拼接后476bp是否有效？如何获得登录号？ 2.如何给该菌株命名？ [ Last edited by amisking on 2010-3-9 at 21:15 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
读博
已经有5人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有13人回复
-
博士申请都是内定的吗？
已经有6人回复
-
之前让一硕士生水了7个发明专利，现在这7个获批发明专利的维护费可从哪儿支出哈？
已经有5人回复
-
博士读完未来一定会好吗
已经有29人回复
-
投稿精细化工
已经有4人回复
-
高职单位投计算机相关的北核或SCI四区期刊推荐，求支招！
已经有4人回复
-
导师想让我从独立一作变成了共一第一
已经有9人回复
-
心脉受损
已经有5人回复
-
Springer期刊投稿求助
已经有4人回复
diaoyuhua
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1767.5
- 散金: 17
- 红花: 1
- 帖子: 247
- 在线: 49.4小时
- 虫号: 858134
- 注册: 2009-09-27
- 性别: GG
- 专业: 微生物资源与分类学
2楼2010-03-09 20:28:25
hyw0794
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2232.5
- 散金: 2937
- 红花: 35
- 帖子: 945
- 在线: 351.9小时
- 虫号: 654959
- 注册: 2008-11-15
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
3楼2010-03-09 20:52:21
hyw0794
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2232.5
- 散金: 2937
- 红花: 35
- 帖子: 945
- 在线: 351.9小时
- 虫号: 654959
- 注册: 2008-11-15
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
4楼2010-03-09 21:02:57
hyw0794(金币+6): 2010-03-10 10:02
|
几点提醒： 1.关于ITS引物做出测序结果一条是517bp, 另一条534bp，拼接后476bp. 测序注意事项： 一定要查看原始的测序报告。看看有没有套峰。如果有的话，就要克隆测序了，或者双向测序，再拼接。 关于这方面的文章可以看： A reason for overlap peaks in direct sequencing of rRNA gene ITS in Pleurotus nebrodensis。 FEMS Microbiol Lett. 2010 Feb 10. 2.关于如何知道是？属？种？ 这个需要结合其它数据，如形态、生理生化。 因为genBank中的部分数据的物种定的也不对。原因是，提交信息的人，没有搞对就提交了。而genbank没有办法审查。 可以看看关于genbank数据可信的文章，例如：Can you bank on GenBank？Trends in Ecology & Evolution, Volume 18, Issue 7, 317-319, 1 July 2003 |
5楼2010-03-10 04:05:19
hyw0794
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2232.5
- 散金: 2937
- 红花: 35
- 帖子: 945
- 在线: 351.9小时
- 虫号: 654959
- 注册: 2008-11-15
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
6楼2010-03-10 09:59:30
hfztim
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 24022.3
- 散金: 291
- 红花: 33
- 帖子: 783
- 在线: 95.9小时
- 虫号: 287965
- 注册: 2006-10-21
- 性别: MM
- 专业: 抗体工程学
hyw0794(金币+2): 2010-03-21 10:21
|
1.如何获得登录号？你可以先看看这个 http://www.bioon.com/biology/bioinfo2/78848.shtml 在ncbi主页上按要求一步步填好，提交后他们会发一个回复给你，再等个1个月左右就可以查到你的登录序列啦。 2.你要确定ITS1 5.8S ITS2的界限。这个可以参考数据库中与你类似的种。 |
7楼2010-03-10 10:21:00
hyw0794
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2232.5
- 散金: 2937
- 红花: 35
- 帖子: 945
- 在线: 351.9小时
- 虫号: 654959
- 注册: 2008-11-15
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
8楼2010-03-10 10:59:08
hfztim
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 24022.3
- 散金: 291
- 红花: 33
- 帖子: 783
- 在线: 95.9小时
- 虫号: 287965
- 注册: 2006-10-21
- 性别: MM
- 专业: 抗体工程学
|
拼接？是什么意思？是不是所谓的双向测序？我是这样做的： 1.根据公司的双向测序结果进行人工比对，如果正向和反向的反补序列结果一致，就确定你的最终序列啦。(可以使用序列处理在线工具包http://www.bio-soft.net/sms/index.html) 2.到基因库查与你相近物种的ITS1 5.8S ITS2的界限。 |
9楼2010-03-23 17:00:51