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hyw0794

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
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虫号: 654959
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专业: 环境微生物学

[交流] 【求助/交流】我用用ITS引物做出测序结果，如何在NCBI上确定其生物学地位和种属？

　　我用用ITS引物做出测序结果，如何鉴定和构建进化树？如何在NCBI上确定其生物学地位？我是做了双向测序，是不是需要正反向拼接了才能blast比对呀？还是单链就可以？哪种处理准确性好呢？
　　ITS引物做出测序结果一条是517bp, 另一条534bp，拼接后476bp.请问ITS引物测序的有效碱基数最少是多少？如何知道是？属？种？谢谢大家指导！
如何获得登录号？
本人为答谢大家帮助，回答上述问题之一，给予不少于3个金币的奖励。最高15个。

补充：因为我已经使用了NCBI并且也找到了其分类。就是有些地方不是很清楚，望后面回答问题的大侠给予一定分析。谢谢！
1.拼接后476bp是否有效？如何获得登录号？
2.如何给该菌株命名？

[ Last edited by amisking on 2010-3-9 at 21:15 ]

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1楼 2010-03-09 20:22:30

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hfztim

至尊木虫 (正式写手)

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性别: MM
专业: 抗体工程学

hyw0794(金币+2): 2010-03-21 10:21

1.如何获得登录号？你可以先看看这个
http://www.bioon.com/biology/bioinfo2/78848.shtml
在ncbi主页上按要求一步步填好，提交后他们会发一个回复给你，再等个1个月左右就可以查到你的登录序列啦。
2.你要确定ITS1　5.8S　ITS2的界限。这个可以参考数据库中与你类似的种。