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hyw0794木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助/交流】我用用ITS引物做出测序结果,如何在NCBI上确定其生物学地位和种属?
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我用用ITS引物做出测序结果,如何鉴定和构建进化树?如何在NCBI上确定其生物学地位?我是做了双向测序,是不是需要正反向拼接了才能blast比对呀?还是单链就可以?哪种处理准确性好呢? ITS引物做出测序结果一条是517bp, 另一条534bp,拼接后476bp.请问ITS引物测序的有效碱基数最少是多少?如何知道是?属?种?谢谢大家指导! 如何获得登录号? 本人为答谢大家帮助,回答上述问题之一,给予不少于3个金币的奖励。最高15个。 补充:因为我已经使用了NCBI并且也找到了其分类。就是有些地方不是很清楚,望后面回答问题的大侠给予一定分析。谢谢! 1.拼接后476bp是否有效?如何获得登录号? 2.如何给该菌株命名? [ Last edited by amisking on 2010-3-9 at 21:15 ] |
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hyw0794
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4楼2010-03-09 21:02:57
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hyw0794
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3楼2010-03-09 20:52:21
hyw0794(金币+6): 2010-03-10 10:02
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几点提醒: 1.关于ITS引物做出测序结果一条是517bp, 另一条534bp,拼接后476bp. 测序注意事项: 一定要查看原始的测序报告。看看有没有套峰。如果有的话,就要克隆测序了,或者双向测序,再拼接。 关于这方面的文章可以看: A reason for overlap peaks in direct sequencing of rRNA gene ITS in Pleurotus nebrodensis。 FEMS Microbiol Lett. 2010 Feb 10. 2.关于如何知道是?属?种? 这个需要结合其它数据,如形态、生理生化。 因为genBank中的部分数据的物种定的也不对。原因是,提交信息的人,没有搞对就提交了。而genbank没有办法审查。 可以看看关于genbank数据可信的文章,例如:Can you bank on GenBank?Trends in Ecology & Evolution, Volume 18, Issue 7, 317-319, 1 July 2003 |
5楼2010-03-10 04:05:19









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