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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】我用用ITS引物做出测序结果，如何在NCBI上确定其生物学地位和种属？
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hyw0794

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】我用用ITS引物做出测序结果，如何在NCBI上确定其生物学地位和种属？

　　我用用ITS引物做出测序结果，如何鉴定和构建进化树？如何在NCBI上确定其生物学地位？我是做了双向测序，是不是需要正反向拼接了才能blast比对呀？还是单链就可以？哪种处理准确性好呢？
　　ITS引物做出测序结果一条是517bp, 另一条534bp，拼接后476bp.请问ITS引物测序的有效碱基数最少是多少？如何知道是？属？种？谢谢大家指导！
       如何获得登录号？
       本人为答谢大家帮助，回答上述问题之一，给予不少于3个金币的奖励。最高15个。


补充：因为我已经使用了NCBI并且也找到了其分类。就是有些地方不是很清楚，望后面回答问题的大侠给予一定分析。谢谢！
1.拼接后476bp是否有效？如何获得登录号？
2.如何给该菌株命名？

[ Last edited by amisking on 2010-3-9 at 21:15 ]
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1楼 2010-03-09 20:22:30
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hyw0794

木虫 (正式写手)
我是用ITS1和ITS4这对引物，所以你认为如何处理，是用测序单链DNA，还是用拼接后的DNA，其中多少说bp有效。谢谢！我上面拼接后是476bp.可以吗？
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8楼2010-03-10 10:59:08
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diaoyuhua

金虫 (小有名气)
★
1949stone(金币+1): 2010-03-09 20:41
hyw0794(金币+3):他给了进入步骤，没有如何分析问题。不过还是谢谢！ 2010-03-09 20:56
把序列输进去，物种选择其他，BLAST就行了
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2楼2010-03-09 20:28:25
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hyw0794

木虫 (正式写手)
这个我已经在NCBI中的BLAST做了，能否再提供一些其他方面的吗？谢谢！
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3楼2010-03-09 20:52:21
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hyw0794

木虫 (正式写手)
amisking:给你把补充加到一楼。 2010-03-09 21:14
补充：因为我已经使用了NCBI并且也找到了其分类。就是有些地方不是很清楚，望后面回答问题的大侠给予一定分析。谢谢！
1.拼接后476bp是否有效？如何获得登录号？
2.如何给该菌株命名？
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-03-09 21:02:57
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