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hyw0794木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助/交流】我用用ITS引物做出测序结果，如何在NCBI上确定其生物学地位和种属？
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我用用ITS引物做出测序结果，如何鉴定和构建进化树？如何在NCBI上确定其生物学地位？我是做了双向测序，是不是需要正反向拼接了才能blast比对呀？还是单链就可以？哪种处理准确性好呢？ ITS引物做出测序结果一条是517bp, 另一条534bp，拼接后476bp.请问ITS引物测序的有效碱基数最少是多少？如何知道是？属？种？谢谢大家指导！ 如何获得登录号？ 本人为答谢大家帮助，回答上述问题之一，给予不少于3个金币的奖励。最高15个。 补充：因为我已经使用了NCBI并且也找到了其分类。就是有些地方不是很清楚，望后面回答问题的大侠给予一定分析。谢谢！ 1.拼接后476bp是否有效？如何获得登录号？ 2.如何给该菌株命名？ [ Last edited by amisking on 2010-3-9 at 21:15 ] |
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hfztim
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拼接？是什么意思？是不是所谓的双向测序？我是这样做的： 1.根据公司的双向测序结果进行人工比对，如果正向和反向的反补序列结果一致，就确定你的最终序列啦。(可以使用序列处理在线工具包http://www.bio-soft.net/sms/index.html) 2.到基因库查与你相近物种的ITS1 5.8S ITS2的界限。 |
9楼2010-03-23 17:00:51
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