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mophyworld

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教能量最小化问题 模拟退火与几何优化 已有1人参与

大家好,我建了一个含7000多个原子的体系进行分子动力学。在模拟之初,需要对其进行结构优化。大体上来说是,先进行Geometry optimization(GO),然后在进行MD平衡。但是在进行GO的时候,一直都收敛不了,该怎么办呢?看了一些文献,别人在进行GO的时候只是说明进行了多少步的GO,而不说多少步GO后能量最小化是否已经达到收敛,不过在这个Go后面,它们一般都会进行Annealing simulated(AS模拟退火),是否这样的结构优化结果会更接近于全局能量最小化点呢?GO与GO+AS进行结构优化之间的区别在哪儿?哪个方法更好些呢?
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Ineedsomeinspirationandsomeconfidence
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞

★ ★ ★ ★
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yjmaxpayne(金币+3,VIP+0):谢谢 11-25 21:08
我不知道你是不是建的超晶胞。
如果你要是直接优化7000个原子,我估计是很难收敛的。
因为模拟退火是找到全局最小,而几何优化是找局域极小值。
一般,模拟退火需要一个合理的初始结构,所以需要几何优化一下。而最终的目的是为了找全局最小值,实际是想找到新的结构,需要GO+AS。
真理是一点点接近的!
2楼2009-11-25 09:12:27
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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjmaxpayne(金币+2,VIP+0):谢谢 11-25 21:08
经典动力学的话没有必要收敛,达到能够进行动力学计算的程度就可以了
3楼2009-11-25 10:10:53
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mophyworld

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-11-25 10:10:
经典动力学的话没有必要收敛,达到能够进行动力学计算的程度就可以了

您好,那么请问怎么看才能知道是不是达到进行动力学计算的程度了呢?
Ineedsomeinspirationandsomeconfidence
4楼2009-11-30 08:56:23
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点点儿

金虫 (小有名气)

★ ★
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qasd(金币+1,VIP+0):基本正确~ 11-30 20:25
我觉得qasd版主的意思是,跑跑动力学试试,不自动停止就是行啊
5楼2009-11-30 10:12:51
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mophyworld

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 点点儿 at 2009-11-30 10:12:
我觉得qasd版主的意思是,跑跑动力学试试,不自动停止就是行啊

好的,谢谢哈
不过如果之前不收敛会不会影响动力学结果的准确性啊?
万一跑了一半的时间停止了,不是又要浪费好些时间?
Ineedsomeinspirationandsomeconfidence
6楼2009-11-30 11:37:06
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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★
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fegg7502(金币+1,VIP+0):thank you very much! 12-1 00:59
不会,动力学结果准确性和这种关系不大,开始时能量应该上升,升到一定程度就应该下降了
7楼2009-11-30 20:01:32
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mophyworld

金虫 (正式写手)


fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流2 12-1 01:00
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-11-30 20:01:
不会,动力学结果准确性和这种关系不大,开始时能量应该上升,升到一定程度就应该下降了

那动力学结果的准确性具体跟什么有关啊?步长?模拟时间?方法?分别具有怎样的关系呢?关系多大呢?动力学模拟的体系大小跟结果的准确性又会有怎样的关系呢?有没有这方面的详细资料可以分享下吗?
动力学方面有没什么比较经典的学习资料吗?我是说那些比较实用的,而不是只有简单地介绍的那种,能不能劳烦版主介绍些呢?先行谢过!
Ineedsomeinspirationandsomeconfidence
8楼2009-11-30 22:20:32
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)


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引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-11-25 10:10:53:
经典动力学的话没有必要收敛,达到能够进行动力学计算的程度就可以了

求教一下,版主的意思是不是收敛不收敛和MD 后面的平衡计算关系不大啊,但是我看cpmd说明书上,都是先介绍wavefunction optimization 或者geometry optimization,貌似是很大的,能不能详解一下这其中的道理。谢谢了
人生自古多险阻,勤者自得天酬助。试问否泰何所依,枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步,振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧,他日振臂揽苍穹。
9楼2010-09-03 15:28:34
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