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sophia_999金虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】NVT平衡时出现LINCS warning 已有1人参与
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GROMACS能量最小化已经收敛，结构也合理，在做NVT平衡时提示如下错误： Program mdrun, VERSION 4.0.5 Source code file: constr.c, line: 136 Fatal error: Too many LINCS warnings (1000) If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in your mdp file or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1, but normally it is better to fix the problem 请教：这是什么原因造成的呢？应该怎么解决？谢谢！ 下面是我的nvt.mdp文件 title = NVT equilibration define = -DPOSRES ; Run parameters integrator = md nsteps = 50000000 dt = 0.002 ; Output control nstxout = 100 nstvout = 100 nstenergy = 100 nstlog = 100 ; Bond parameters continuation = no constraint_algorithm = lincs constraints = all-bonds lincs_iter = 1 lincs_order = 4 ; Neighborsearching ns_type = grid nstlist = 5 rlist = 1.0 rcoulomb = 1.0 rvdw = 1.0 ; Electrostatics coulombtype = PME pme_order = 4 fourierspacing = 0.16 ; Temperature coupling is on tcoupl = V-rescale tc-grps = System tau_t = 0.1 ;0.1 ref_t = 300 ;300 ; Pressure coupling is off pcoupl = no ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; Dispersion correction DispCorr = EnerPres ; Velocity generation gen_vel = yes gen_temp = 300 gen_seed = 173529 |
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2楼2010-07-17 09:32:04
hainu_carl
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