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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】请教能量最小化问题 模拟退火与几何优化
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mophyworld

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教能量最小化问题 模拟退火与几何优化 已有1人参与

大家好，我建了一个含7000多个原子的体系进行分子动力学。在模拟之初，需要对其进行结构优化。大体上来说是，先进行Geometry optimization（GO），然后在进行MD平衡。但是在进行GO的时候，一直都收敛不了，该怎么办呢？看了一些文献，别人在进行GO的时候只是说明进行了多少步的GO，而不说多少步GO后能量最小化是否已经达到收敛，不过在这个Go后面，它们一般都会进行Annealing simulated（AS模拟退火），是否这样的结构优化结果会更接近于全局能量最小化点呢？GO与GO+AS进行结构优化之间的区别在哪儿？哪个方法更好些呢？
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Ineedsomeinspirationandsomeconfidence
1楼 2009-11-24 09:43:29
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞
★ ★ ★ ★
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yjmaxpayne(金币+3,VIP+0):谢谢 11-25 21:08
我不知道你是不是建的超晶胞。
如果你要是直接优化7000个原子，我估计是很难收敛的。
因为模拟退火是找到全局最小，而几何优化是找局域极小值。
一般，模拟退火需要一个合理的初始结构，所以需要几何优化一下。而最终的目的是为了找全局最小值，实际是想找到新的结构，需要GO+AS。
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真理是一点点接近的！
2楼2009-11-25 09:12:27
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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yjmaxpayne(金币+2,VIP+0):谢谢 11-25 21:08
经典动力学的话没有必要收敛，达到能够进行动力学计算的程度就可以了
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3楼2009-11-25 10:10:53
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mophyworld

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-11-25 10:10:
经典动力学的话没有必要收敛，达到能够进行动力学计算的程度就可以了

您好，那么请问怎么看才能知道是不是达到进行动力学计算的程度了呢？
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Ineedsomeinspirationandsomeconfidence
4楼2009-11-30 08:56:23
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点点儿

金虫 (小有名气)
★ ★
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qasd(金币+1,VIP+0):基本正确~ 11-30 20:25
我觉得qasd版主的意思是，跑跑动力学试试，不自动停止就是行啊
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5楼2009-11-30 10:12:51
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mophyworld

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 点点儿 at 2009-11-30 10:12:
我觉得qasd版主的意思是，跑跑动力学试试，不自动停止就是行啊

好的，谢谢哈
不过如果之前不收敛会不会影响动力学结果的准确性啊？
万一跑了一半的时间停止了，不是又要浪费好些时间？
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Ineedsomeinspirationandsomeconfidence
6楼2009-11-30 11:37:06
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
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fegg7502(金币+1,VIP+0):thank you very much! 12-1 00:59
不会，动力学结果准确性和这种关系不大，开始时能量应该上升，升到一定程度就应该下降了
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7楼2009-11-30 20:01:32
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mophyworld

金虫 (正式写手)
★
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流2 12-1 01:00
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-11-30 20:01:
不会，动力学结果准确性和这种关系不大，开始时能量应该上升，升到一定程度就应该下降了

那动力学结果的准确性具体跟什么有关啊？步长？模拟时间？方法？分别具有怎样的关系呢？关系多大呢？动力学模拟的体系大小跟结果的准确性又会有怎样的关系呢？有没有这方面的详细资料可以分享下吗？
动力学方面有没什么比较经典的学习资料吗？我是说那些比较实用的，而不是只有简单地介绍的那种，能不能劳烦版主介绍些呢？先行谢过！
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Ineedsomeinspirationandsomeconfidence
8楼2009-11-30 22:20:32
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-11-25 10:10:53:
经典动力学的话没有必要收敛，达到能够进行动力学计算的程度就可以了

求教一下，版主的意思是不是收敛不收敛和MD 后面的平衡计算关系不大啊，但是我看cpmd说明书上，都是先介绍wavefunction optimization 或者geometry optimization，貌似是很大的，能不能详解一下这其中的道理。谢谢了
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人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
9楼2010-09-03 15:28:34
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