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plantst5928

铜虫 (小有名气)

[交流] 求助大片段载体构建

我最近在将一个4700bp的基因连进T载体中,可是一直没有成功,现在已经做了3次了。大家有没有什么好的方法可以改进连接效率?
我的步骤如下:
基因4700bp,用primer star扩增之后,切胶回收目的条带,回收效率还行(取回收产物1ul做模板pcr能扩增出目的条带来),之后加A(8ul底物,30min),连进T载体(promega的),一般4度连接过夜,转化,蓝白斑筛选。第二天板子上能看见白斑,但是挑斑,pcr验证却总是假阳性,提质粒验证,分子量是2500bp左右,肯定是T载体自连了。但是那些白斑是什么啊?
现在做了3次都是这样,就是连不进去。快郁闷死了,大家有什么好的建议?多谢了!!!
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
plantst5928(金币+1):谢谢参与
amisking(金币+6,VIP+0): 10-8 15:50
4.7k的不算大,连应该没问题的。
你的a尾加的有问题吗,一般的酶都可以吧,都是pcr的时候加上的。
酶连4-16°都可以的,这个没问题。8h以上都可以。

关于白斑的这个,大家都遇到过,理论上自联应该是蓝斑,但是好多时候是白的。个人认为其可能连上了一些很小的片段,<100bp。你可以随机拿几个去测序看看,验证自己的想法。看看到底是空的还是连上了什么东西。
至于重复的,你做的时候可以多做几个,t量不变,片段有差别,做几个,总有一个可以的。
祝实验成功!
小木虫之有关部门负责人
2楼2009-10-08 15:32:11
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amisking

荣誉版主 (文坛精英)

优秀区长优秀版主


plantst5928(金币+1):谢谢参与
不厚道一下!
如果没有人帮助你,那么你就去帮助别人。
3楼2009-10-08 15:50:43
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qgaoamtf

至尊木虫 (职业作家)


plantst5928(金币+1):谢谢参与
挑几个蓝斑的检测一下。白斑有可能在载体自联时A/T末端引起的移码突变造成的。
4楼2009-10-08 16:01:24
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gastrodia

金虫 (正式写手)


plantst5928(金币+1):谢谢参与
不要加A,换个平端载体连接吧
5楼2009-10-08 16:57:56
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rainbamboo8707

金虫 (小有名气)


plantst5928(金币+1):谢谢参与
改变载体和目的片段的比例试试
6楼2009-10-08 18:33:40
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09021122

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
plantst5928(金币+1):谢谢参与
amisking(金币+2,VIP+0): 10-8 20:54
我最近也在做克隆,现在也是不成功,郁闷呐,你那个4.7kb应该不难连上去,你把那个尾部注意一下,还有连接时间长些看看,温度也要注意
雄关漫道真如铁,而今迈步从头越
7楼2009-10-08 20:41:42
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chg952

金虫 (小有名气)


plantst5928(金币+1):谢谢参与
支持一下
8楼2009-10-08 21:17:08
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plantst5928

铜虫 (小有名气)

敢问大家加A和连接的时候都是多大体系,目的片段和载体比例多少?
9楼2009-10-08 23:03:22
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人

★ ★ ★ ★
plantst5928(金币+1,VIP+0): 10-10 22:26
amisking(金币+3,VIP+0): 10-11 08:18
实验有时候就是要试试才知道的。
偶觉得你加的a尾存在问题,是不是没加上?
primer star 是不加A尾的酶吗?你用LA扩也一样啊,即保证保真性,又加了a尾,5kb的片段是有点长了,不过你要是想做后续实验,最终要测序验证的。
如果条带亮度和marker差不多的,我一般做4个:
10ul:
产物:T-------1:1,   1:2,   2:1,   2:2,
酶0.5,buf1,其他补水
最后混在一起,转化两管,基本没大问题
lz是在没辙了,不妨试试此拙见。
小木虫之有关部门负责人
10楼2009-10-08 23:18:42
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